蓖Щ鞒痢…156号潜艇发现该船装载了1800名意大利战俘和811名英军。当U…156号潜艇发出求援信号时，“冰熊”艇群中的其他潜艇遵照德国潜艇司令的命令，纷纷赶来救援。16日下午，德国潜艇拖带着数百名运输船上的幸存人员。当时尽管U…156号潜艇在艇首挂了一面红十字旗，但一架从阿松森岛起飞的美国B…24轰炸机在U…156号潜艇上空盘旋后最终对其实施了攻击。在收到这些事件的报告后，邓尼茨下令以后禁止对商船幸存人员进行救援。在纽伦堡审判中，同盟国的公诉人企图证明，“拉科尼亚号命令”实际构成一种经过掩饰的鼓励故意屠杀幸存人员的企图。但是，通过对有关事实（包括一些有名的暴行案件等）的全面调查，这种论点被推翻了。），随后准备在开普敦附近海域发动一次进攻。U…179号潜艇当即被击沉，但其他潜艇却对好望角以东的航运造成极大的破坏，并声称于10月和11月在开普敦附近和莫桑比克海峡击沉了31艘船只。然后，它们开始返航。
邓尼茨认识到，德国的潜艇部队只有在中大西洋才能取得决定性的胜利。到1942年7月，德国潜艇的建造速度已达到每月30艘。这种潜艇数量的增长使得邓尼茨能够承担更大的风险去攻击运输船队。由于同盟国的多数飞机和水面舰艇都装备了雷达，德国潜艇面临着越来越大的危险。除此之外，同盟国这时已拥有更多的护航舰艇，从而可以组成一些有6至8艘驱逐舰、护卫舰和小型护卫舰的反潜支援大队。后来，护航航空母舰也与水面舰艇配合行动。这些支援大队配备了经验丰富的人员，它们不担负常规的护航任务，但随时准备援助那些遭受德国潜艇猛烈攻击的运输船队。
邓尼茨深知飞机护航对德国潜艇所造成的新的危险，因此，他集中力量攻击“黑坑”海域内的船只。他在这一海域的两侧设立了警戒线，这样，德国潜艇可以对从两个方向驶入“黑坑”内的运输船队实施持续的攻击，而潜艇本身可以不受飞机的袭击。同盟国商船的损失在不断增长，1942年11月已达807；754吨（注册吨位）。邓尼茨为了阻挠盟军在北非登陆，被迫减弱了潜艇在“黑坑”海域的攻势。但是随后，德国潜艇仍然继续在“黑坑”海域内实施攻击，并于1943年3月达到了高潮。
到1942年圣诞节，同盟国感到他们必须设法对付高度集中的德国潜艇司令部所具有的那种战略部署的灵活性。因此，同盟国政府首脑于1943年1月在卡萨布兰卡与盟军参谋长联席会议的成员举行了会议。他们一致同意“同盟国部队的首要任务必须是击败德国的潜艇”，并指示召开参谋会议重新调整对大西洋运输船队的控制。随后召开的华盛顿运输船队会议否决了关于建立同盟国联合反潜指挥部的政治提议，并于3月1日采纳了金海军上将的一项方案。根据此项方案，英国和加拿大继续负责对北大西洋运输船队的控制，而美国则负责中大西洋运输船队（从哈利法克斯以南的港口前往地中海和南大西洋）以及连锁运输船队系统。
同盟国的运输船队是以字母为和数字为代号的，这些字母和数字表示出发港、目的地及特定的运输船队编号。主要的大西洋运输船队的航线和目的地有：哈利法克斯至英国（HX）、英国至哈利法克斯（ON）、锡德尼、新斯科舍至英国（SC）、英国至锡德尼（ONS）、波士顿至哈利法克斯（BX）、英国至直布罗陀（OG）、直布罗陀至英国（HG）、英国至俄国北部（PQ）（后改为JW）、美国至直布罗陀（UGS）、直布罗陀至美国（GUS）
在英国，海军部的作战研究人员分析了1941年至1942年运输船队的活动情况。他们发现，运输船队中被击沉商船的数字完全不受船队规模的影响。相反，被击沉的商船只取决于实施攻击的德国潜艇的数量和水面护航舰艇的数量（在没有飞机护航时）。如果运输船队的平均规模由32艘增加到54艘，护航舰则要由6艘增加到9艘；而运输船队的损失则因船队的扩大而减少56％，因护航舰的增加而减少25％。如果平均每天有8小时的空中护航，那么，1941年至1942年期间所损失的船只就可以减少64％。扩大运输船队的规模还会减少它们的航次，这样，则可在不额外增加护航兵力的情况下加强每次船队的水面与空中的护航力量；而且由于商船的损失减少了，实际上无形中就增加了商船的货物运输量。
尽管1943年4月同盟国运输船的损失下降到344；680吨，可是德国潜艇司令清楚地知道，这只是一种暂时的现象，在继3月份的激烈战斗之后这种下降是不可避免的。为了弥补因同盟国明显改进防御措施而造成的潜艇单艇作战效果的下降，邓尼茨计划在北大西洋集中一支空前强大的潜艇兵力。4月28日，北大西洋上双方最后较量的时刻终于来到了。西行的ONS…5运输船队在冰岛附近海域受到德国潜艇警戒兵力的拦截，损失了一艘商船，随后只是由于驶入了一片迷雾，它们才幸免于遭受一次全面攻击。在费尔韦尔角附近海域，一阵狂风吹散了运输船队，护航队指挥官P·W·格雷顿海军中校出色地将这支42艘船只的船队集中起来，并向南驶去，结果闯入了一个集结有51艘潜艇的大艇群。5月4日，从纽芬兰空军基地起飞的“卡塔利挪”式飞机炸沉了U…630号潜艇，但是到了黄昏时，“山鸟”潜艇群从四面八方围了上来，截住了那些在北极光的映照下显露出船形的货船。11艘潜艇几乎全部蜂涌般地扑向ONS…5运输船队的护航队，拂晓前击沉了7艘运输船；翌日上午，又击沉4艘掉队的船只。小型护卫舰“石竹”号使用深水炸弹炸沉了U…192号潜艇。但到了傍晚，又有15艘潜艇逼近，屡遭打击的运输船队此时又面临着覆灭的危境。随后，战术形势发生了彻底的变化。5月5日晚，ONS…5运输船队又缓缓地驶进了一片浓雾之中。虽然它受到个别潜艇的攻击不下25次之多，但无一损失。邓尼茨的潜艇因没有雷达而多次被7艘护航舰驱走。新赶到的两个反潜支援大队对敌发起了勇猛的攻击。它们充分发挥了雷达与高频无线电测向仪的作用，彻底粉碎了德国人的阻挠，在午夜到拂晓间协助护航兵力又击沉4艘潜艇。
德国潜艇与同盟国护航运输队之间所进行的这场海上搏击战竟成了大西洋争夺战中的最高潮。德国潜艇部队在纽芬兰附近海域遭到了这次意想不到的失败之后，从此一蹶不振。德国的“狼群”最后一次击毁了一支哈利法克斯运输船队的许多船只。反潜支援大队、护航航空母舰和远程飞机的干预是同盟国在大西洋取得胜利的关键。在ONS…5运输船队经受了严峻考验之后的3个星期内，同盟国有12支运输船队通过了“黑坑”，总共只损失了5艘船只，而同盟国的空中与水面护航兵力却击沉了13艘德国潜艇。对邓尼茨的大规模而比较盲目的“狼群”战术，英国的“诱杀”战术当时取得了成功，迫使德国潜艇于5月份放弃了北大西洋，寻求危险性较小的游猎区。邓尼茨在“黑暗的五月”中蒙受了被击沉41艘潜艇的巨大损失之后，他再次诉诸于吨位战的战略，命令潜艇南驶，企图将德国潜艇部队从覆灭之中挽救出来，以待技术条件发展之后再重返北大西洋。邓尼茨的此项决定使同盟国的运输船队在诺曼底登陆之前的12个月中能够较顺利地通过北大西洋。由于同盟国反潜措施的有力加强和美国造船能力的极大提高，德国吨位战的战略瓦解了。7月份，同盟国每月的造船量终于超过了它在世界各地被轴心国所击沉的数量。到1943年底，大西洋的同盟国取得了年产商船1440万吨的成绩，超过德国人估计数的40％。
1943年春末，英、美部队联合发动的强大的反潜攻势不仅是军舰与飞机生产日益增长的结果，而且也是组织上的全面调整改组、人员的系统教育，以及水下军事科学的决定性进步的产物。事实证明，对美国的反潜发展负有广泛监督任务的美国第10舰队的建立，对于促进有效的训练、提供改进武器与战术的科学方法，以及协调作战情报都具有非常重要的意义。这个秘密的行政管理机构于5月1日建立。该机构在金海军上将的亲自领导下，并由F·S·洛海军少将任参谋长，为大西洋舰队的作战提供了全面支援。大西洋舰队所属的由护航航空母舰和驱逐舰或护航驱逐舰新组成的猎潜群，不久将在中大西洋发挥它们的威力。
第六阶段：中大西洋与比斯开湾的攻势
1943年5月下旬，邓尼茨决定将“狼群”作战转移到亚速尔群岛西南海域。这项决定恰好向美国大西洋舰队司令英格索尔海军上将提供了他等待已久的使用新建立的猎潜群的机会。就战术改革的迅速而言，在此后的三个月中，以护航航空母舰“博格”号、“卡德”号、“科尔”号和“桑提”号为核心的猎潜群对中大西洋运输船队的支援作战在海军史上实际上是无与伦比的。“博格”号上的飞行员创造了一种“野猫”式与“复仇者”式飞机的协同战术。6月3日，他们在为GUS…7A运输船队护航时发现了德国的“抵抗”潜艇群，击沉了U…217号潜艇和U…118号供应潜艇，并击伤其他潜艇数艘。7月中旬，在海上到处游弋的“科尔”号和“桑提”号猎潜群在亚速尔群岛以南海域挫败了一支由17艘潜艇组成的艇群搜索中大西洋运输船队的企图。它们使用了美国海军的“菲德”新型反潜自导鱼雷，击沉4艘潜艇，其中包括2艘供应潜艇。
残余的德国潜艇被这些航空战术逼得走投无路，只好浮到水面上进行还击从而使得“博格”号、“桑提”号和“科尔”号猎潜群在仲夏又击沉了5艘潜艇。与此同时，“卡德”号上的飞行大队在A·J·尹斯贝尔上尉的指挥下又炸沉了4艘潜艇，其中包括2艘供应潜艇。在不到3个月的时间内，英格索尔将军的猎潜群击沉了15艘德国潜艇，其中8艘是供应潜艇，而己方只损失了3架飞机。击沉德国的潜水油船（即供应潜艇）完全不同于击沉运输船队中的一艘商船，它有效地阻止了德国集中兵力对中大西洋运输船队的进攻，并大大地降低了德国潜艇在加勒比海、南大西洋以及印度洋的作战效果。
尽管德国潜艇部队在中大西洋损失严重，可是，这些损失还不及德国潜艇当时在比斯开湾所遭受的“屠杀”更使德国潜艇司令感到忧虑。从1942年春以来，英国空军岸防航空兵便一直试图在那儿对潜艇进行一次持久的进攻。由于采用了雷达，英国飞机在这个潜艇必经的海域对潜艇的探测取得了一些小小的成绩。可是，在邓尼茨开始为潜艇装备一种叫作“梅托克斯”的雷达接收机之后，英国的这种优势便不复存在了。这种接收机接收雷达信号的距离比对方搜索雷达的目标探测距离远得多。但是，1943年初英国飞机突然恢复对水面上的德国潜艇的攻击，而“梅托克斯”雷达接收机却没有收到对方的雷达信号。据德国潜艇司令解释，这种现象是“梅托克斯”发出的一种能被被动雷达测到的信号所造成的。因此，他下令停止使用“梅托克斯”接收机。实际上，英国研制出一种波长为10厘米的超高频雷达，而这种雷达所发射的电波，“梅托克斯”是探测不到的。对潜攻击继续进行，同盟国的飞机使用一种8000万支烛光的“利”式探照灯，并配合雷达在黑夜中对潜艇实施突然袭击。在3至4月间，攻击的效果有限，因为潜艇在受到攻击时往往急速下潜。德国科学家们竭力对“梅托克斯”进行改进，但毫无成效；与此同时，邓尼茨为潜艇增加了防空武器，并改变了他过去的指示，命令所有要通过比斯开湾的潜艇在夜间潜航，只是在白天浮上水面进行充电。尤为重要的是，这位德国潜艇司令要求所有的潜艇艇长在攻击的飞机距离太近而潜艇又无法紧急下潜的情况下在水面上用防空武器进行还击。
虽然英国轰炸机在7月份的前三个星期中炸毁了6艘德国潜艇，但是，“比斯开湾的大屠杀”到28日才真正开始。在随后的一星期中，美国和英国的飞机以及英国第二支援大队击沉了9艘德国潜艇。德国潜艇司令迫于这种猛烈攻击，不仅放弃了潜艇群通过比斯开湾的做法，而且于8月初下令潜艇暂停从比斯开湾基地启航。因此，盟军在比斯开湾的攻势最终达到了对邓尼茨驻法国西部的潜艇部队的实际封锁。后来，德国潜艇司令又设法恢复了航渡，令潜艇沿着西班牙北部海岸航行，因为在那里它们实际上可以避免雷达的探测。在比斯开湾的这次攻击行动中，同盟国共击沉28艘试图通过比斯开湾的德国潜艇。
第七阶段：北大西洋的最后争夺战
在进行了三个月几乎无效的吨位战之后，邓尼茨于1943年9月19日下令再次向同盟国北大西洋的主要运输线发动进攻。当时，他准备使用一种新式武器，即“鹪鹩”式音响自导鱼雷。这种鱼雷能自动导向舰船的螺旋桨。“鹪鹩”式音响自导鱼雷是用来对付护航舰的，它可将敌警戒幕炸开一个缺口，以便使用常规鱼雷攻击商船。9月份，德国的“拉顿”潜艇群攻击了西行的ON…202和ONS…18运输船队，击沉3艘护航舰，击伤1艘，另外还将6艘商船葬送于海底。为了对付“鹪鹩”式鱼雷，英、美的军舰开始使用一种名叫“福克瑟”的噪音发生器，用以对付音响自导鱼雷。这种设备拖在舰船后面，可以吸引音响自导鱼雷对其攻击，而对舰船本身不会造成损害。
然而，由于同盟国对原“黑坑”及其他海域内受威胁的运输船队实施了有组织的近距离空中日夜护航，德国潜艇在北大西洋的进攻最终被制止住了。在这些护航活动中，岸基飞机同护航航空母舰上的飞机互相配合。护航航空母舰，或者参与运输船队的护航，或者同水面反潜支援大队在一起活动。那时，水面反潜支援大队已能够与岸基飞机一道昼夜为运输船队护航。实践证明，同盟国对付敌潜艇的这些措施非常有效，以致邓尼茨只好将其潜艇撤离“黑坑”，并在10月份试图将潜艇集中于冰岛以南，结果3艘潜艇被岸基飞机击沉。邓尼茨虽然认识到攻击北大西洋上的运输船队极其危险，可是他一意孤行，一直持续到1944年2月，结果导致了严重损失，而同盟国的运输船只却损失很少。由于同盟国综合使用了水面舰艇近距离护航、岸基飞机护航，以及反潜支援大队的局部空中支援（由护航航空母舰提供），这时的北大西洋运输船队实际上没有遭受敌人的攻击。
10月中旬，葡萄牙同意英国空军岸防航空兵的飞机从亚速尔群岛起飞进行作战活动。英国获取这个中大西洋的基地，以及对运输船队实施夜间空中护航，是对邓尼茨企图在北大西洋和中大西洋对运输船队重新组织一次进攻的一个决定性打击。同盟国在比斯开湾获得的新胜利、从亚速尔群岛出发的定期空中巡逻，以及英、美猎潜群在比斯开湾以外坚持不懈的搜索，这一切有效地挫败了德国潜艇最后的一次狼群作战。在高速的XXI型潜艇投入使用（这种潜艇的生产因同盟国的空袭而开始受到影响）之前，邓尼茨毫不掩饰地说：“在战争的目前阶段，必须首先考虑的不是战争的胜利，而是潜艇和潜艇艇员的生存问题。”
第八阶段：最后一仗
1943年，德国共损失了237艘潜艇。由于英、美入侵法国和其他一些重要原因，1944年德国潜艇的损失又有增加，而大肆吹嘘的“瓦尔特”过氧化氢潜艇仍继续推迟生产。邓尼茨此时已担任德国海军总司令，他被迫将他的潜艇部队�