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度辽将军朱徽派人来给双方讲和，安国置之不理。杜崇、朱徽便再发大兵，征讨安国。内外交困之下，安国的舅舅、骨都侯喜害怕了，便杀掉安国，迎立师子为亭独尸逐侯鞮单于。
21日，司徒丁鸿去世。
2月8日，刘肇派谒者分行三河、兖、冀、青州，赈济贫民。
20日，司空刘方转任司徒、太常张奋升任司空。
3月3日，刘肇下诏赈济流民。9日，命三公、中二千石、二千石、内郡守举荐贤良方正、直言极谏者各一人。刘肇亲临策问，选补郎吏。
4月，蜀郡徼外羌人遣使内附。
5月，刘肇的七弟、城阳王刘淑去世。因无子而国除。
7月，京师洛阳大旱。刘肇下诏：天下刑徒们减免一半的刑罚。2日，刘肇又亲自到洛阳寺中，录囚徒，举冤狱。将洛阳令下狱，司隶校尉、河南尹降职。这些事都做完后，大雨即刻倾盆而降！
7月，班超征发龟兹、鄯善等西域8国共7万军队，征讨以焉耆为首、因杀害过前西域都护陈睦，而不敢前来投降的三个小国。进入焉耆国境，班超便派人诱焉耆王广、尉犁王泛二人前来。二王来到陈睦故城见班超，被班超当场拿下斩首，传首京师。接着，班超下令纵兵钞掠，共斩首5千余人、俘虏15千人。
最后，班超立元孟为新的焉耆王。留在焉耆国中半年，慰抚人心。至此，西域五十余国，终于全数归附汉朝。在窦宪之后，班超实现了汉朝域外军事行动的另一个高峰！
曾经，班超仰望前人张骞、傅介子，而这些英雄的前辈，都被他如今的闪亮光芒盖住了！在西域这块土地上，如说前者是开路人，那班超才是真正的集大成者！因他比前辈飞得更高，走得更远。
远到哪个程度？史载：班超的威望，甚至远播欧洲的地中海之滨！所谓的蛮夷外国，不远四万里，经数道翻译，风尘仆仆而来，就为一共同的梦想——向汉朝进贡！跟汉朝打交道，成了这些外国使者毕生的梦想…
班超为伟大的汉朝，打开了壮阔的视野和历史。而且就差那么一点，班超就能实现完美的飞越了！因奇迹的历史，仿佛已到了极限，就在那个完美临界处竟停止不动了——班超差点打通了东西方文明的通道！
为什么说差点？是因班超派使者出使大秦帝国（罗马帝国），可能只走到了波斯湾，听说路途遥远就打道回府了…历史是爱开玩笑的，这次如不是开玩笑，那就真的是一项遗憾艺术了…
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窦后之死篇
师子成为了南匈奴单于，那些投降的北匈奴人因受安国之恩、师子之欺，他们很不乐意。所以他们集合了五六百人，准备夜袭师子。幸亏汉将王恬率兵及时赶到，夜袭失败。但经此一战之后，降胡与师子之间的矛盾更加激化，终于导致15部20余万人皆反，胁立师子的堂弟、前单于屯屠何之子、薁鞮日逐王逢侯为单于，正式与师子分道扬镳！他们杀略吏民、焚烧邮亭庐帐，出塞北去，准备重新建立北匈奴。
9月，刘肇命光禄勋邓鸿行车骑将军事，与越骑校尉冯柱、度辽将军朱徽、乌桓校尉任尚率四万大军前去讨伐逢侯。而南单于师子这时正与杜崇驻兵牧师城，等着汉朝大军到来，便一齐挥师北伐。谁知逢侯竟先发制人，率万余骑前来攻打牧师城。
11月，邓鸿率大军来到西河郡美稷县，逢侯急忙解围撤兵，往五原郡满夷谷退去。师子派自己的儿子率兵万骑、杜崇率四千骑，与邓鸿大军会合，一路追击逢侯至大城塞，斩首4千余人。接着，任尚更率鲜卑、乌桓之兵继续追击至满夷谷，又是一场大胜，前后共斩首17千余人。逢侯率残兵出塞北逃，汉兵未能远追，选择退兵回国…这样，本来一个好好的南匈奴，又分裂成了南、北二部。
本年，武陵郡溇中蛮叛乱，被平定。
本年，刘肇任命大司农陈宠为廷尉。陈宠执法，务从宽恕。开始改变刘秀光武中兴以来的执法刻敝之风。
本年，刘肇又想任命尚书令黄香为东郡太守。黄香推辞说自己不适宜做地方长官，还是中央这种宫台烦事适合自己。刘肇同意了，继续让黄香留任尚书令，并增秩二千石，甚见亲重。
永元7年（95）1月，邓鸿留下冯柱率虎牙营驻守五原郡，自己率大军回国。可一回去，就被弹劾率大军逗留失利，下狱论死。紧接着，朱徽、杜崇激化师子、安国二人的矛盾，又用不正当手段禁止安国上书，以致造成南匈奴离叛…这诸事也被揭发出来，二人也下狱论死。
4月1日，日食。汉和帝刘肇集合公卿、将、大夫、御史、谒者、博士、议郎、郎官集议，命众人推荐宽博有谋、才任典城者30人，全部任命为郡守、国相。7月26日，赵国易阳县地裂。9月25日，京师洛阳地震。
本年，刘肇的四伯、乐成王刘党因杀害无辜，被削去东光，鄡二县。
永元8年（96）3月14日，刘肇立阴丽华大哥阴识的曾孙**氏为皇后。赐天下男子每人二级爵位；三老、孝悌、力田者每人三级爵位；流民每人一级爵位。鳏寡孤独等社会弱势群体每人粟5斛。
4月18日，乐成王刘党去世。其子刘崇继立，但次月又马上去世。因无子而暂时国除。
19日，刘肇下诏赈济并州四郡贫民。5月，河内、陈留二郡蝗灾。
5月，南匈奴右温禺犊王乌居战反叛汉朝，率众出塞。7月，度辽将军庞奋、越骑校尉冯柱奉命追击，大胜而归。将其余众2万余人安置于安定、北地二郡。7月，戊己校尉索覠准备废掉车师后王涿鞮，涿鞮认为汉朝这定是听信了车师前王尉毕大的挑唆，一怒之下，就率兵前去攻打车师前国，俘虏了尉毕大的妻子。
8月，刘肇下诏对天下刑徒减死罪一等，发往敦煌郡戍边。犯大逆者处以宫刑。各种犯罪皆可纳钱赎罪。
9月，京师洛阳蝗灾。汉和帝刘肇下诏罪己。
10月23日，六年多前以汉章帝刘炟遗诏名义复立的北海王刘威因非刘睦嫡子，又被人告发诽谤朝廷，有罪自杀。北海国暂时国除。
本年，护羌校尉贯友去世，汉阳太守史充继任之后，便征发起湟中的羌胡大军，出塞攻打迷唐。结果反被迷唐杀败，伤亡数百人。史充被罢官，由代郡太守吴祉继任。
永元9年（97）1月，永昌郡徼外蛮夷及掸国遣使奉贡。
3月，西域长史王林击斩车师后王涿鞮。
4月28日，刘肇封刘党之子刘巡为乐成王。恢复除国近一年的乐成国。
5月，汉和帝刘肇封阴皇后的父亲、屯骑校尉阴纲为吴防侯，以特进就第。
6月，天下旱、蝗之灾。30日，刘肇下诏：今年为蝗虫所伤的地区免收租赋，其他地区减半征收。山林池渔也免收租税。7月，蝗虫飞过京师洛阳。
8月，鲜卑侵犯辽西郡肥如县。辽东太守祭参因罪下狱论死。
当年，窦宪和邓叠、郭璜等人想搞宫廷政变，废掉汉和帝刘肇。窦太后应该是知道的。可当窦氏倒台，重要骨干几乎全数被灭后，窦太后却仍安然盘坐后宫，也许生死较量就在这一刻了？
生死较量？窦太后有没有这样想，没人知道。但汉朝各大门派都站成了围观姿势，只要盟主刘肇一声号令，窦太后就等着被五掌分尸了。但接下来发生的一幕，众人无不惊呆了。只见刘肇对着自己这位养母注目良久，就转身离开了。并传话道“没我的命令，谁都不许动太后”
为什么会这样？刘肇没说，众人也不敢问。就这样，窦太后毫发无损的继续在后宫呆着。双方这样僵持着，一晃就是五年多。终于闰8月14日，汉和帝刘肇的养母、窦太后去世。
窦太后病逝，最得意的恐怕就是郑众。作为刘肇的大内高手，他无时不紧绷神经。窦太后不发功、刘肇不发话，他就永远不知道这老女人的深浅。不过现在好了，她已自已蹬腿升天了，什么麻烦都省了！
宦官郑众是舒服了，可皇帝刘肇却一点都不爽！因窦太后一死，就有梁松与舞阴公主之子梁扈让堂兄梁檀来给自己的堂妹、原先被窦太后整死的梁竦之女、汉章帝的大小梁贵人告状！告状还是其次，他们竟抖出了一天大的秘密——刘肇您不是窦太后生的，梁贵人才是您亲爱的生母！
相信当今美国中情局、前苏联克格勃、以色列摩萨德的官员，能看到眼前这一幕的话，应会对汉朝的保密工作致以敬意！
这一年，刘肇已19岁，窦宪已死了五年多，可到现在，刘肇才能知晓自己的身世…那到底还有多少秘密，被埋藏在深不见底、黑不见五指的后宫中呢？刘肇不知道！
详详细细告诉皇帝身世之秘的，是太尉张酺。刘肇放声痛哭，为蒙冤死去的母亲、二姨；为怀才不遇的外祖父梁竦；也为可怜而又幸运的自己。可刘肇哭完，两眼迷茫地问张酺“现在我该怎么办”
的确，这事太难为刘肇了。他之所以灭窦氏而放过窦太后，还不是因当时刘肇认为那是自己的老妈？汉朝历史上，有见过杀舅舅的，没见过干掉老妈的。他喊了窦氏18年的妈，可突然间被人告知：这老妈是假的，那个梁贵人才是您亲妈。这叫他一下子怎能接受得了？
姜还是老的辣，只见张酺沉吟良久，这样回答道“不如这样，先追封梁贵人尊号，然后封梁家所有舅舅们为官”
张太尉还是没说怎么处理窦太后。于是刘肇的大姨、樊调之妻梁嫕上书说自己父亲梁竦蒙冤而死。母亲已年逾七十，与梁棠等三个弟弟远在绝域，不知死生。求皇帝垂怜。刘肇接到上书后，马上传召梁嫕进宫。两人相见，相对垂泪。刘肇下诏给大姨加号梁夫人，赏赐衣被钱帛、府宅奴婢无数。
关于怎么处理窦太后，汉朝三公集议后，联合上奏“应把窦太后的尊号废掉，且不允许她跟汉章帝葬在一起”汉朝三公这个意见，不是他们自己拍脑袋想出来的。近41年前，刘秀就下诏把吕雉贬黜，而把汉文帝刘恒的生母薄姬取代吕雉的位置，追封为高皇后…
刘肇看到三公的奏书，半天没有说话。按理说，这奏书写得有理有据，符合主旋律，刘肇应该批了呀，还犹豫什么呢？
刘肇犹豫的是：1窦太后毕竟养了自己这么多年，母子俩的感情，多少还是有的，当然舍不得下手；2当初汉章帝刘炟也不是马皇后所生，可老爹生前，就没给生母贾贵人加什么尊称，只是逢年过节送点大礼，表示感激慰问；3吕雉被贬出刘汉宗庙，那是两百年后刘秀干的事。在汉朝历史上，由养子或亲子废母亲的事，还没听说过……这三条，最后那条最重要。如刘肇真将窦太后的尊号废了，他就成了汉朝历史上第一个废母的皇帝了。做事这么高调，超乎他的想象力。接受不来，坚决不能这样办！
可这三公的奏书该怎么批复呢？刘肇突然想到了一个人：上官太后！
我们知道：上官太后是汉朝历史上年龄最小的太后。当年刘彻驾崩前，选定霍光、上官桀等辅政大臣。霍光是老大、上官桀是老二。于是老二为讨好老大，前去说亲，让自己的儿子娶了老大的女儿。不久，两家就结出了政治婚姻成果，即上官。后来上官嫁给了汉昭帝刘弗陵，并在宣帝朝成了太后。
上官桀认为自己已经搞定了老大，找他办事应该没问题？可没想到霍光根本不鸟他。于是他只好翻脸造反，结果失败，所有参与造反的都不得好死。但当时的上官皇后因年纪小，没有参与反对霍光的行动，所以被放过了。
不过，刘肇要拿上官太后说事，其实就是想说窦太后没参与造反，没必要废尊称。废不废，由你说了算。可硬要说窦太后没参与造反，这个事说出去鬼都不信！但刘肇却说：就算鬼都不信，我也要说！
想了半天，汉和帝刘肇批复如下：窦太后做事节制，是朕的好母亲。依照礼教，做儿子的，不可以贬废父母。西汉也出过上官太后之事。总之，这事到此为止，不允许再有任何形式的讨论！
接着29日，窦太后被顺利下葬。这是一段不光彩的残缺人生，却换来了一个完美的结局！
8月，迷唐率八千人侵犯陇西郡，并胁迫塞内诸羌部落，组成三万大军，杀败陇西守兵，杀死大夏县长。消息传来，刘肇命刘尚、赵世二人调集汉、羌、胡大军也是三万人前去征讨。来到前线之后，任尚驻兵陇西郡治狄道县、赵世驻兵西面不到80公里的枹罕县。然后任尚让寇盱以自己的名义征调诸郡之兵前来会合，声势极盛。
迷唐被吓得急忙抛弃老弱，逃入陇西郡与武都郡交界的临洮县之南。任尚派兵追击，大败羌兵，斩首千余人。迷唐逃走，但汉兵死伤也不少，不能再追，于是收兵返回。
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治理天下篇
9月24日，司徒刘方策免，自杀。
29日，汉和帝刘肇追尊自己的生母梁贵人为皇太后。10月19日，刘肇将生母梁太后、二姨大梁贵人改葬在汉章帝敬陵之西，称西陵。追谥梁太后的父亲梁竦为褒亲愍侯，派赚使前往汉阳郡迎丧，将外公改葬于西陵之旁。并征还梁竦家属。封梁竦的三个儿子梁棠为乐平侯、梁雍为乘氏侯、梁翟为单父侯，位皆特进，赏赐以巨万计。封大姨梁嫕的丈夫樊调为羽林左监。梁氏宗族无论亲疏，皆得补授郎官。梁氏从此由衰转盛，宠遇日隆，又种下未来一段祸根。
乘着这机会，汉和帝刘肇的三哥、清河王刘庆也开始为当年同样被窦皇后害死的自己的生母宋贵人请求恢复名誉，刘肇当然允许，下诏有关部门四时给祭。再下诏征还宋氏家属。宋衍、宋俊、宋盖、宋暹兄弟们作为刘庆的舅舅，全部补授郎官。
而窦氏兄弟中当年仅存的夏阳侯窦瑰，后来徙封罗侯。梁棠兄弟这次被从遥远的九真郡召回，路过长沙郡罗县时，竟专门找上门去，逼死窦瑰。而刘肇对此也不加查问。
11月8日，光禄勋吕盖升任司徒。12月1日，司空张奋罢官。7日，太仆韩稜升任司空。
本年，西域都护、定远侯班超派甘英出使大秦（今罗马）条支（今伊拉克境内）穷西海，皆前世所不至，莫不备其风土，传其珍怪。甘英使团一直来到安息（今伊朗）西界，在他们眼前的是一片大海（今波斯湾）然后，甘英他们听当地人说路途尚遥，便就此打道回府…
永元10年（98）3月28日，刘肇下诏整修各地的堤防沟渠。5月，京师洛阳大水。7月13日，司空韩稜去世。8月15日，太常巢堪升任司空。10月，五州雨水。
刘尚、赵世被弹劾畏懦怯战，下狱免官。由王信率刘尚之兵驻守陇西郡枹罕县、耿谭率赵世之兵驻守白石县。耿谭悬赏招诱，羌众陆续来归。势单力孤的迷唐遣使请降。王信、耿谭受降罢兵。12月，迷唐亲自率种人来到洛阳，朝见汉和帝。
20年前，汉宣帝玄孙、居巢侯刘般去世。按理爵位应由长子刘恺继承，可刘恺坚决要将爵位让给弟弟刘宪，飘然远去。10年后，有关部门上奏“既然刘恺不继承这个爵位，那就把这个侯国撤销了吧”当时在位的汉章帝刘炟特地下诏不许，以嘉其义。然而刘恺仍遁世不出。一眨眼又过了10年，有关部门再次上奏，请求撤封这个侯国。但侍中贾逵则上书建议不如就成全了刘恺让爵的这份心意。于是，汉和帝刘