带给无忌。建国后，蔡无忌任对外贸易部商品检验总局副局长、顾问，是中国民主同盟盟员，曾任全国人大代表、全国政协委员，于1980年4日病逝，享年82岁。
黄仲玉所生长女威廉，自幼喜绘画，有美术天才，曾两次随父母赴欧洲，受到西方艺术的熏陶。1923年先在比利时布鲁塞尔美术学校学习，后进法国里昂美术学校学油画。1927年冬回国，次年任国立西湖艺术院油画系教授。威廉与留法学生林文铮结婚。1939年5月5日，威廉在昆明因产后患猩红热逝世。年仅35岁。周夫人得此噩耗，饮泣数夜，恐蔡先生过于伤心而瞒着。后来，蔡元培从昆明寄来的报纸上看到蔡威廉女士遗作展览特刊，方知爱女已不在人世，精神上受到沉重打击，写了哀长女威廉之文，以寄托无尽的哀思。
黄仲玉所生之子柏龄先在比利时学习机械工程，后去法国研究磁学，取得法国国家博士学位。因与一位法国科学家、一位美国科学家共同首次发现反铁磁性现象，获法国国家科学院的银质奖章。蔡元培在香港时，因长时间没有收到柏龄的信，曾托中国驻法大使馆探询，并托好友李石曾先生访寻。柏龄长期侨居法国，娶法籍女子为妻，但始终保持中国国籍。1950年以后，蔡柏龄担任法国原子能委员会的回旋加速器的磁体设计工作。周恩来总理曾多次争取他回国而未能成功。蔡柏龄退休后曾几次回国，参加国庆观礼和各种纪念活动，于1993年1月在法国巴黎病逝，享年87岁。
蔡元培与周峻夫人育有一女二男，都出生在上海，长女睟盎，二子为怀新，三子为英多。蔡元培对子女取名都含有深意。长女出生时，住家对门有一所法国天主教会办的名为若安·达克的学校。若安·达克通译贞德，是法国的民族女英雄，因起兵抗击英国侵略者，遭火焚而英勇牺牲。蔡元培取《孟子》中“脺然见于面，盎于背”一句中的“脺盎”两字，与“若安”谐音，希望长女向女英雄学习。怀新的名字取自陶渊明的诗句“良苗亦怀新”之义。英多的名字出自《世说新语》中“其人磊场⒍唷薄�
蔡元培是一位温文尔雅的长辈，对年幼的子女如同亲密朋友。1935年去南京开会，蔡元培在一封家书中写道：“你们每人送我一张画，我很宝贵。我祝你们活泼长进，与盎儿所画之朝日及鲜花一样；祝你们动静均宜，与新儿所画之飞机与建筑一样；祝你们康健英挺，与多儿所画之马一样。”蔡元培深信美育能陶冶人的高尚情操，培养优良品德，对子女喜好必定鼓励。蔡睟盎自小喜爱音乐，蔡元培夫妇就让她到一位俄罗斯女教师家学习钢琴；当时家里没有钢琴，平时就到丁燮林先生家去练琴。到香港后，周峻夫人以50港元买了一架旧钢琴。怀新有书画专长，蔡元培就叫怀新临魏碑习字。英多喜爱绘画，尤爱画马，曾按陆游一句“细雨骑驴人剑门”的诗意画了一幅画，蔡元培非常赞赏，还拿着他的画给刘海粟先生看，问他：“你看我的小儿子是否有点才气？”1937年，蔡元培到南京开会买回三本精美的纪念册，并分别题词寄予希望。给睟盎的题词是：“智者不惑，仁者不忧，勇者不惧。”给怀新的题词是：“富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈。”给英多的题词是：“好学近乎智，力行近乎仁，知耻近乎勇。”
【永蛰】
抗日战争爆发后不久，上海沦陷，国民党政府迁都重庆，中央研究院也迁往内地。蔡元培因不愿随蒋介石去重庆，改从上海赴香港，准备转赴昆明，主持中央研究院院务。但是到达香港之前，蔡元培刚刚得了一场伤寒病。已经近70岁的老人，面对前面的长途跋涉，十分担心能否安全到达昆明。无奈之下，只好先滞留香港。
1937年12月26日，夫人周养浩携子女也到港，全家在九龙柯士甸道156号租房居住。蔡元培在港期间，除了读书阅报之外，绝无其他消遣。由于怕受人注意，因此很少跨出大门。香港住宅，又很狭窄，三四个房间，便成为他日常活动的小天地。
1938年5月20日，蔡元培应宋庆龄邀请，同港督罗富国爵士等人一道，出席由“保卫中国同盟”及“香港国防医药筹赈会”于圣约翰大礼堂举行的美术展览会并发表演说。这是蔡元培在港期间唯一的一次公开演讲，其意本为公开话别，离港前往昆明或重庆，奈何因身体荏弱不堪，未能成行。
1940年早春，73岁的蔡元培遭逢爱女蔡威廉死于难产的致命一击。蔡威廉这位留洋归国的艺术家，自和林文铮结婚后，一直致力于国立艺专的艺术教学工作，满腹才华和理想尚未来得及施展和实现，就在昆明撒手人寰。她死得很惨，在咽下最后一口气之前还用手在墙上反复疾书“国难，家难……”其撕心裂肺之状令天地为之动容。白发人送走了黑发人，而白发人也将循着女儿的背影飘然而去。
1940年3月3日早晨，蔡元培起身后到浴室去时，在浴室门边，忽然感到一阵头晕，失足摔倒，吐了一口鲜血。于是赶紧找来商务印书馆的一位特约医师朱惠康，朱医生看过后未找出病源。这天晚上，他一宿都未睡好。第二天上午，朱医生过来复诊，认为可能是胃溃疡，因为家里人手不多，照料不便，因此建议送到养和医院去诊治。到了养和医院，朱医师又诊断可能是急性胃溃疡，于是通过文学家许地山找来港大医学院的英籍教授寇克博士，为蔡元培诊治，并施手术。
由于输血设备都在香港大学，蔡元培又被转移到香港大学。输血的过程中，蔡已经陷入昏迷状态。输完之后，他的手足开始缓缓活动，有时两片嘴唇微微翕动，像要开口说话。
此后，蔡元培回到养和医院，已是午夜以后。约至四点多钟，蔡元培的呼吸开始显得很费力。六时左右，口中嘘气已经极为微弱。养和医院院长李树芬和寇克博士虽然先后来到，但到七点左右，两位医师都认为救治无望。九时过后，蔡元培嘘出了最后一口微弱的气息。这位教育家走完了他的一生，享年73岁。
蔡元培先后做过教育总长、北京大学校长、中央研究院院长等高官，然而却一贫如洗、家徒四壁，连一幢属于自己的房子也没有。先生一生位居高官，却始终清廉如水，死后无一间屋，无一寸土，医院药费千余元，加上衣衾棺木的费用，都是由商务印书馆的人代筹的。
9日，中国共产党中央委员会发来唁电，并特派廖承志前往致唁。
10日，灵柩出殡，由北大学生护送，香港各学校及商号下半旗志哀，执绋者五千余人，学校及社团万余人参加公祭，极尽荣哀。蔡元培灵柩初厝东华义庄待运回浙江绍兴故里安葬，但因战事熛起，未能成行，遂移葬香港仔华人永远坟场，“五四”元老、新文化的保姆长眠于香江，墓碑“蔡孑民先生之墓”七字由叶恭绰书写。值得指出的是，他的遗言仅为两句话：“科学救国，美育救国”。
16日，国民政府发布褒扬令，特拨付5000元作为丧葬费用。24日上午，国民党各界在重庆举行公祭，蒋介石参加；下午又举行追悼大会。同日，全国各省市均举行隆重的追悼大会。
1947年5月9日，国民政府发布国葬令举行蔡元培的国葬。
蔡元培病逝，全中国不分政治派别，均表深切哀悼。国民政府发布褒扬令说：蔡元培“道德文章，夙负时望”，“推行主义，启导新规，士气昌明，万流景仰”。
教育部北大在诔词中有“当中西文化交接之际，先生应运而生，集中西文化于一身；其量足以容之！其德足以化之！其学足以当之！其才足以择之！呜呼！此先生所以成一代大师欤？”
周恩来送挽联：“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。”
毛泽东特发唁电：“学界泰斗，人世楷模”，同时发动延安各界举行追悼大会，发表悼念文章以示尊崇与纪念。
蔡元培灵柩初移厝于东华义庄七号殡房，以待运回故乡浙江绍兴安葬，因战事迭起，炮火连绵，未能成行，遂移葬于香港华人永远坟场。这位“五四元老”、“中国新文化运动之父”、“学界泰斗”，就此长眠于香江之岸。
【仰止】
蔡元培在少年时期，已名动公卿，曾被常熟籍的宰相翁同龢称赞：“年少通经，文极古藻，隽才也。”
刘晓钢先生在实用文源流的研究中说：“到蔡元培的《论国文之趋势》、《国文之将来》，便正式把文章分为实用文和美术文（即艺术文）两大类，开始创立独立的实用文理论了。”
傅斯年：大凡中国人以及若干人，在法律之应用上，是先假定一个人有罪，除非证明其无罪；西洋近代之法律是先假定一人无罪，除非证明其有罪。蔡先生不特在法律上如此，一切待人接物，无不如此。他先假定一个人是善人，除非事实证明其不然。
周作人和蔡元培是同乡，他“从小时候就听人说蔡元培是一个非常的古怪的人，是前清的一个翰林，可是同时又是乱党。家里有一本他的朱卷，文章很是奇特，篇幅很短，当然看了也是不懂，但总之是不守八股的规矩，后来听说他的讲经是遵守所谓公羊家法的，这是他的古怪行径的起头。他主张说是共产公妻，这话确是骇人听闻，但是事实却正是相反，因为他的为人也正是与钱玄同相像，是最端正拘谨不过的人。他发起进德会，主张不嫖，不赌，不娶妾，进一步不作官吏，不吸烟，不饮酒，最高等则不作议员，不食肉，很有清教徒的风气。他是从佛老出来，经过科学影响的无政府共产，又因读了俞理初的书，主张男女平等，反对守节，那么这种谣言之来，也不是全无根据的了。可是事实呢，他到老不殖财，没有艳闻，可谓知识阶级里少有人物。我们引用老辈批评他的话，做一个例子。这是我的受业师，在三味书屋教我读《中庸》的寿洙邻先生，他以九十岁的高龄，于去年逝世了；寿师母分给我几本他的遗书，其中有一册是《蔡孑民言行录》，书面上有寿先生的题字云：‘孑民学问道德之纯粹高深，和平中正，而世多訾嗷，诚如庄子所谓纯纯常常，乃比于狂者矣。’又云：‘孑民道德学问集古今中外之大成，而实践之，加以不择壤流，不耻下问之大度，可谓伟大矣。’”
杜威评论蔡元培：“拿世界各国的大学校长来比较，牛津、剑桥、巴黎、柏林、哈佛、哥伦比亚等，这些校长中，在某些学科上有卓越贡献的不乏其人。但是，以一个校长身份而能领导那所大学，对一个民族，对一个时代，起到转折作用的，除蔡元培外，恐怕找不出第二个。”
汪原放说：蔡元培道貌温言，令人起敬，吾国之唯一人物也。
冯友兰说：蔡元培是近代确合乎君子的标准的一个人。曾子说：“可以托六尺之孤，可以寄百里之命，临大节而不可夺也。君子人欤，君子人也。”儒，“粥粥若无能”，但是“可亲而不可劫也，可近而不可迫也，可杀而不可辱也”。“身可危也，而志不可夺也”。这样的人，才是君子。孔子说“君子可欺以其方，难枉以非其道。”冯说，蔡先生的人格，是儒家教育理想的最高的表现。
冯友兰评价蔡元培：一介寒儒，书生本色。
傅斯年说：“蔡元培先生实在代表两种伟大文化：一曰，中国传统圣贤之修养；一曰，西欧自由博爱之理想。此两种文化，具其一难，兼备尤不可觏。先生殁后，此两种文化，在中国之气象已亡矣！”
1943年3月5日，周恩来领导的《新华日报》发表了一篇题为《怀念蔡孑民先生》的社论，指出：“北大是中国革命运动史上、中国新文化运动史上，无法抹去的一个名词。然而，北大之使人怀念，是和蔡孑民先生的使人怀念分不开的。蔡先生的主办北大，其作风，其成就，确是叫人不容易忘怀的，确是对于中国的革命事业有很大的贡献的。”
北大师生至今仍深情追还着蔡先生的人格力量，说他“对人接物，一个是尊重他人的人格，决不愿意以自己的语言和行动使人感到一点不快和不便。一个是承认他人的理性，以为天下事无不可以和平自由方法互相了解或处理”。
林语堂1967年在《想念蔡元培先生》一文中说：“蔡先生就是蔡先生。这是北大同仁的共感。言下之意，似乎含着无限的爱戴及尊敬，也似乎说天下没有第二个蔡先生。别人尽管可有长短处，但是对于蔡先生大家一致，再没有什么可说的。”
梁漱溟深有感慨地说：“蔡先生的了不起，首先是他能认识人，使用人，维护人。用人得当，各尽其才，使每个人都能发出自己的热和光，这力量可就大了。”
郭沫若说过：“影响鲁迅生活颇深的人，应该推数蔡元培先生吧。这位精神博大的自由主义者，对于中国文化教育界的贡献十分宏大，而他对鲁迅先生始终是刮目相看的。鲁迅的进教育部乃至进入北京教育界都是由于蔡先生的援引，一直到鲁迅的疾殁，蔡先生是尽了他没世不渝的友谊的。”
蒋梦麟评论道：“先生日常性情温和，如冬日之可爱，无疾言厉色。处事接物，恬淡从容，无论遇大观推刃或引车卖浆之流，态度如一。但一遇大事，则刚强之性立见，发言作文，不肯苟同。故先生之中庸，是白刃可蹈之中庸，而非无举刺之中庸。”
任鸿隽说：“在公义一方面，蔡先生却是特立不屈、勇往直前、丝毫不退、莫不假借的斗士。”
林语堂认为蔡元培“软中带硬，外圆内方”。
曹建称蔡元培“骨子里却洋溢着刚劲不挠的气概”。
陈西滢评价蔡元培是“当代最有风骨”的“大丈夫”。
蒋梦麟《试为蔡先生写一笔简照》提出：“先生做人之道，出于孔孟之教，一本于忠恕两字。知忠，不与世苟同；知恕，能容人而养成宽宏大度。”
黄炎培则以“有所不为，无所不容”八字概括老师蔡元培：“盖有所不为，吾师之律己也；无所不容者，吾师之教人也。有所不为，其正也；无所不容，其大也。”
辜鸿铭对罗家伦说：“现在中国仅有的两个好人，一个是蔡元培先生，一个是我，蔡先生点了翰林之后，不肯做官而跑去革命，到现在还革命。我呢？自从跟张之洞做了前清的官，到现在还保皇。”
冯友兰说：我在北京大学的时候，没有听过蔡元培的讲话，也没有看见他和哪个学生有私人接触。他所以得到学生们的爱戴，完全是人格的感召。道学家们讲究“气象”，譬如说周敦颐的气象如“光风霁月”。又如程颐为程颢写的《行状》，说程颢“纯粹如精金，温润如良玉，宽而有制，和而不流，……视其色，其接物也如春阳之温；听其言，其入人也如时雨之润。胸怀洞然，彻视无间，测其蕴，则浩乎若沧溟之无际；极其德，美言盖不足以形容”。（《河南程氏文集》卷十一）这几句话，对于蔡元培完全适用。这绝不是夸张。我在第一次进到北大校长室的时候，觉得满屋子都是这种气象。
罗家伦赞誉蔡元培说：“千百年后，先生的人格修养，还是人类向往的境界。”
北大哲学系教授韩水法在《世上已无蔡元培》中感叹：无论想做而做不成蔡元�