当时清朝的海军可分为北洋、南洋、闽洋、粤洋四支，北洋舰队最强最大，四支海军互不相属。甲午年春间李鸿章主持海军大会操，粤洋舰队的广甲、广乙、广丙三舰被檄调参加会操，操毕恰遇战争，遂并入北洋舰队以壮声势。六月廿三日，广乙护送高升轮载兵往牙山，遇敌火攻，两船被毁。八月十八日鸭绿江之战，广甲逃回大连，中途搁于沙碛，亦告沉没。广丙则为日军所俘。接洽投降的道员牛道竟致书日本受降的海军提督伊东祐亨说：
“广甲、广乙、广丙三舰向隶广东，冠以广字可为证明；查广东一省，本与军事不相干涉，今甲乙之劫，仅存一丙，北洋已无以对广东，望贵提督念广东为局外之义，并思该舰管带张副将（实系程璧光）日来有往返传语之劳，可否提出该舰，即交与该副将带回广东，俾得于总督前略存体面，不胜感激。”
中日两国在朝鲜开战后，李鸿章委直隶臬司周馥办理东征转运事宜。周馥邀袁世凯襄助，袁乃赴凤凰城设局，这时候日兵已将渡鸭绿江而西。扼江的清军各路统帅如宋庆、刘盛休、马金叙等兵杂将嚣，毫无纪律，索械索饷，随给随弃。
袁世凯就清军的后勤补给作了一个全盘的建议，他说：
“新民厅在榆关至凤凰城中间，东扼辽河，水陆通衢，奉北杂粮，辐辏于此，宜设粮台，厚储粮饷，按前后要站，分设官车，随时协雇民车，分段转运。盛京以东亦有数处当可采买，拟于驻兵处就近买存。总以新民厅为根据地。”
光绪廿年（1894年）九月，日军渡辽河，马玉昆、宋得胜力战败北。宋庆拟退扼摩天岭，袁认为日兵必分三路进，徒守一路，无济于事，这时他害肺炎，力疾赴辽设饷局所。而日军在岫岩州花园口下游登陆，分两路进军，一支向大东沟，一支向皮子窝进发，防守的清军疲于奔命。十月袁至望宝台，溃兵抢掠运局车马，袁搜截数百人，杀戮数人，才阻遏了抢掠。
清军无论训练和作战、都是旧法，日军已完全西法，两相对比，不堪一击，袁据此给了盛宣怀一个电报云：
“西人用兵大概分为四排队，前一排散打，败则退至第三排后整队，以第二排接应，轮流不断，后排队伍严整，亦以防包抄傍击。又队后数里驻兵设炮，遏止追兵，掩护残卒，虽败不溃。今前敌各军平时操练亦有此法，乃临阵多用非所学，每照击土匪法，挑奋勇为一簇，飞奔直前，宛同孤注，喘息未定，已逼敌军，后队不敢放枪，恐误击前队。只恃簇前数十人，拥挤一处，易中敌弹，故难取胜。后队又不驻兵收束，一败即溃。请告统帅，饬各军照西法认真练习。”
又说：“刘盛休军事以溃掠为事，毫无战志。聂士成军兵不过千余，又精壮俱殁，吕道生军亦伤亡大半，实难再战。莫若调回整顿。……宋庆南援，似知岭不可守，退难过沈，故请作游击之师。事势至此，惟有停战议和，较为合算。”
光绪廿年（1894年）十二月，清廷派两江总督刘坤一督办关外军事，驻节榆关。光绪廿一年（1895年）二月牛庄、营口相继失陷，李鸿章奉命赴日本议和。袁向刘坤一陈说战略：
“管见用兵必须尝罚公平始足以资鼓励，我公驻关督师，应请随时分别贤否，立予抑扬，庶诸将咸知惩劝，冀可挽救。查马玉昆胆识兼优，宋得胜忠勇成性，均叠经苦战，始终如一。似宜请旨嘉奖，俾益加奋勉。吴凤柱、徐邦道兵多骚扰，不知自爱，似宜申斥，俾知警惕。营口防营蒋希夷委弃重地，肆行克扣，似宜俟兵队解散后，从严参办。此五人只举其尤，时艰至此，惟望淑慝先分，庶中材皆知激劝。”
光绪廿一年（1895年）正月，袁复赶返前所（地名），与聂士成会晤。二月返石山站，牛庄和营口相继陷落，于是清廷下诏派李鸿章赴日本议和。这时，由于清军海陆均惨败，举国震动，朝野哗然，众谤集于李鸿章，有谓李鸿章私通日本，“用一卫汝贵而百战之淮军化为叛卒，用一丁汝昌而大桅之铁甲尽属漏舟”，有人竟参奏李鸿章的亲信运军火接济日军。大家不相信中国会败于日本，遂将战败责任诿诸李鸿章。李奉命接洽议和，不敢成行，因西太后正在生病，而光绪不允割地。在这和战未决的当口，日军扬言将北取辽阳，西攻山海关，清将长顺、依克唐阿匆遽告急，而关外各军亦争弃防地，纷纷后退，自相惊扰，不久辽南和牛庄亦告陷落。
清朝的海陆大军都已彻底溃败，局势演变到了非和不可，清廷这才再下谕旨，责成李鸿章前往马关与日本订城下之盟。
光绪廿一年（1805年）二月，清廷正式向日本求和，并派遣日方所指定的李鸿章为谈判代表。这时日军已陷威海卫和辽东半岛，北京危如累卵。李鸿章和日本首相伊藤博文、外相陆奥重光于三月廿日在马关举行首次会议。李鸿章和伊藤本系旧识，两人见面甚为亲切，一谈就谈了三个多小时，在这次会议上，李代表战败国，一切都立于不利地位。日本因为是战胜一方，所以条件极为苛刻。
当马关和会开始后的第三天，就是三月廿四日，李鸿章竟在会后返回旅邸途中，被日人狙击，子弹轰入面颊，登时晕绝。当他苏醒后，拒绝停止会谈转而就医，他说，“国步艰难，和局之成，刻不容缓，岂能延宕误国，宁死不愿就医。”他的衫履满布鲜血，李鸿章慨然说：“此血所以报国也。”他有马关记事诗一首，诗曰“劳劳车马未离鞍，临事方知一死难；三百年来伤国步，八千里路吊民残。秋风宝剑孤臣泪，落日征旗大将坛，寰海尘氛纷未已，诸君莫作等闲看”。
日本自信可以战胜中国，不过未料到胜得如此迅速和容易，途一经开战后，清朝竟如此的不堪一击。日本食髓知味，因此野心大增，得寸进尺，在谈和时并不停止军事行动，俾求议和条件可以更有利于日本。马关和谈开始时，日本的种种留难，借故拖延，都是因为这个原因。不过当李鸿章被刺后，情势遂为之一变，一个战败国家的议和首席代表，竟被日人狙击，给国际间的印象是太恶劣了；李鸿章因被刺而换到和平，但《马关条约》仍是很苛刻的。
《马关条约》于光绪廿一年（1895年）四月十七日签署，内容是：
（一）朝鲜独立；
（二）割辽东半岛、台湾和澎湖列岛让给日本；
（三）中国赔偿给日本军费二万万两；
（四）允许日本人在中国各通商口岸从事商业工艺制造；
（五）凡西洋各国在中国所获的特权，日本均得享受。
这个条约签署后，西方国家为之大哗，认为日本已侵犯了西方列强在中国的利益。尤其是俄国，俄国一直把辽东半岛当作势力范围，如今竟被日人夺取，怎肯干休，于是便联合德、法等国出面共同干涉，而日本则表示英国可以占舟山，俄国可以占北满，德国亦可取沿海一岛。日本这个主意是瓜分中国的办法，但俄国不愿接受。俄国野心不止是北满，而是包括朝鲜和东北，双方利益上既有这么大的冲突，当然很难谈得拢，幸而日本这时还不敢公然和列强决裂，因此勉强地把辽东半岛退还中国，由清朝出银3000万两为交换条件。
和议后，李鸿章成为众矢之的，万谤交集。他这年73岁，担承衰老的清廷内外大政，内心确是非常痛苦。他曾写了一封信给新疆巡抚陶模，可见其心境：
“十年以来，文娱武嬉，酿成此变。平日讲求武备，辄以铺张靡费为言，至以购械购船悉为历禁。一旦有事，明知兵力不敌，而淆于群哄，轻于一掷，遂致益发不可收拾。战绌而后言和，且值都城危急，事急万分，更非平常交际可比，兵事甫解，谤书又腾，知我罪我，付之千载，固非口舌所能分析矣。”
甲午战败和《马关条约》大大地伤了中国人的自尊心，可是中国人，并没有接受这个教训而自觉自强。
七、穷则求变
朝鲜的悲剧成全了袁世凯，甲午战后清廷上下痛定思痛，把所有的诟责都集中在李鸿章的身上，也把所有的好感都集中在袁世凯身上；大家认为袁世凯在朝鲜是成功的。实际上也是事实，袁在朝鲜12年，替朝鲜练新兵，安定朝鲜的乱局，重振清廷的声威，他的表现处处都显得他出人头地，高瞻远瞩。73岁高龄的李鸿章也很看得起这个后辈，并不因袁受人推崇，自己却受人攻击而对袁不好，相反地更赏识袁，处处提携袁，想培植这个比自己儿子还年轻的袁世凯为自己的继承人。
这就替袁世凯开辟了北洋之路的一条大道。当时的北洋大臣实际是清廷中央的实力人物，李鸿章是那个时期清廷最重要的人物，袁世凯在他的卵翼下一步一步往上爬。对袁来说，他早期的政治生涯不止是多采多姿，而且也得心应手。
当袁未拜命赴小站练兵时，他留在天津，有时也去北京，他利用这个短暂的闲暇，编写了一本兵书，当然不是他自己执笔。中国的文人以“知兵”才能达到出将入相的地步，自诸葛亮以至曾国藩、李鸿章，莫不是书生而统御雄兵。袁世凯既然能为朝鲜练新兵，当然也可以撰兵书，他的这部兵书，现在已绝了版。由于他的“兵书”编成，于是他便俨然以“文武双全”而见重于那个时代了。
甲午战后，举国已在求“变”，开明的知识分子，以上海和香港为中心，倡导变法。清廷中也有一二特出的大臣 ，主张革新；前有郭嵩焘、曾纪泽，后有薛福成等，都认为世变日亟，治世之法必须适应潮流。不过这些洋务派都因遭受到守旧派的排斥，所以不能大用。
袁世凯本身是一个复杂而具有双重人格的人，他是旧势力中的新人，可是也是新势力中的保守分子，因此在旧派中他被赏识，不被排斥，而对于新兴的势力来说，他们看袁仍不失为一个肯接受新潮流新思想的人，所以也很喜欢他。在那个新旧蜕变的时代中，袁是骑墙派，正因为他的骑墙，使他成了一个政治军事上的宠儿。
在黯淡的甲午战败后的清廷，最当务之急的，莫如重新整军经武了。因此，就在《马关和约》签署后的六个月，清廷的五个最重要的大臣醇亲王奕譞、庆亲王奕劻、军机大臣翁同龢、军机大臣李鸿章、军机大臣荣禄等会商练建新军工作，而袁世凯也被受命负责起草计划和规章。不久他受任主持训练新军事宜，这位曾在朝鲜督练新军的中年人，便开始了他一生中最重要的事业——小站练兵。
马关之耻，使中国知识分子接受了这个刺激，因此不只清廷中求变，一般社会上的青年，也激起了求变的高潮。如林则徐的学生冯桂芬 ，著《校邠卢抗议》，主张对外不鄙视，不恐惧；对内选拔人才，注重舆论，废除八股，加强地方政治。另有香港《循环日报》主笔鼓吹变法，赞美日本的制度，主张中国急须改变取士、练兵、学校、律例四种旧制。郑观应著《盛世危言》，曾和孙中山先生谈过改革中华的抱负。何启著《中国亟宜改革政法论》、《新政始基》、《新政变过》、《新政安行》等书。这位何启在英国留学十多年，后居香港创办雅丽氏（Alice）医院和香港西医书院。孙中山先生曾就读西医书院，起义时并曾得何启助力。胡礼垣是和何启合作撰写上述各书，总称《新政真铨》。陈虬著《治平过议》、《报国录》。他们都主张成立国会，行君主立宪制。
此外，到中国访问的外国人，如上海广学会的英人李提摩太，在甲午战后曾游北京，先后晤见李鸿章、孙家鼐、翁同龢、张荫桓、恭亲王、刚毅等劝说变法，提出教民、养民、安民、新民四个号召，并盼清廷设西学科，用西人为顾问。他的建议未能为清廷接受。
所有这些在野的求变呼声，并未能使清廷接受。而触角能碰到清廷当政者的，则是康有为、梁启超等在北京联络各省应试举人一千余人，公车上书，反对马关议和，主张迁都再战，变法自强，西法练兵等。虽然他们的要求未被上达，但他们所掀起的狂澜则震动了那个时代。
康有为原名祖贻，字广厦，号长素，是广东南海人，咸丰八年二月初五（1885年3月19日）出世 ，家世是书香世宦，少有大志，致力于经世之学，想作中国儒家的圣人。他虽不懂洋文，但接受力极强，六岁从番禺蔺凤仪读四书及《孝经》，遂有志于圣贤之学。他好读不倦，先在深山读书，后游大江南北，研究当时传教士所译的西洋法政史地等书，他为了达到变法的目的，曾写了两本著作：《新学伪经考》和《孔子改制考》，来支持他变法思想，以免传统的中国读书人反对。他说西汉末年刘歆伪造古文经，是用来支持王莽代汉的，这本书只能算做是王莽时代的新学，假托古书不过是想打倒当时的汉学而已；至于孔子所说的三代德政，也是假托古代来改变当时的法制。所以康有为的结论，是自古以来便有变法之事，孔子也是一个改革家。
康有为除了在思想上抬出一套东西来支持他变法而外，他希望得到皇帝的赏识，来实现他的理想。他子解当时清廷的守旧人物都包围在西太后的周围，要想突破这个守旧围墙以获得慈禧太后的支持，简直是不可能的事。他便用全力向清德宗光绪皇帝下功夫。当时慈禧已经撤帘不亲政事，光绪又是一个忧愤国事的青年皇帝，康有为先后八次上书，终于得到了光绪的刮目相看。
清末的新兴力量，共有三大支：一个是袁世凯在小站练兵，以北洋正统力量自居，是个彻底反动和投机分子；一个是康有为的君主立宪，变法维新，是个进步的机会主义；还有一个则是光明正大的革命运动，由孙中山先生领导。
孙中山先生于同治五年十月初六日（1866年11月12日），诞生于广东省香山县翠亨村，家世业农，13岁以前完全受中国旧式教育。14岁随母赴檀香山念教会中学，三年毕业 ，再入奥荷学院。1885年回国，1887年入香港西医书院。1892年以成绩各科全部100分毕业，时年27岁。他在求学时，以及毕业后行医时，均致力于民族革命运动。由于他的背景既不同于纯粹中国传统文化的曾国藩、左宗棠、李鸿章，也不似康有为、梁启超等的间接受西洋文化的皮毛，所以他所倡导的革命运动、革命主张，是既能吸收西方政制文化的优点，又能发扬中国优秀传统的精华。
孙中山先生决心从事革命运动是自中国对法战败之年（1885年）开始。那时孙中山先生还在念书，可是已经奔走革命了，这时大家都以为他是怪物、疯子、强盗。附和他的同志只有陈少白、尤少绔、杨鹤龄三人，当时人们称之为“四大寇”。其实他们在这一期间只是借课余鼓吹革命，无所忌讳，可算做革命言论时代。
甲午战后，清廷的腐败暴露无遗，这时孙中山先生才决定倾覆清廷，创建民国，于光绪廿年（1894年）十月赴檀香山和美洲创立兴中会。表面上只是一个民间讲求富强的学术团体，暗中则布置革命行动，设乾亨行于香港，设农学会于广州，拟以武装起义，袭取广州。不幸因为由香港运枪械至广州，被海关搜出手枪600余支，事机败露，同志陆皓东殉难，株连而死的有丘四和朱贵全，被捕的有70多人。这是光绪廿一年九月初九日（1895年10月26日），是中国有史以来为共和革命而牺牲的第一次。
广州起义失败后，孙中山先生潜返香港，但在香港已不能居留，香港英政府以“从事政治活动”把孙中山先生驱逐出境，为期五年。孙中山先生乃偕陈少白、郑士良同渡日本 ，小住横滨，并赴檀香山、美洲、欧洲各地向�