人物一：欧阳月桐，穿越时空来到了自己写的小说《名侦探柯南》中，为了不让人识破身份，化名为“宫月樱”，后又因认黑羽快斗为哥哥，所以改名为“黑羽月樱”。经常化用“月樱”的谐音“月影”。性格、爱好在小说中会体现出来。
人物二：工藤新一，动漫中人物，被黑暗组织下毒，是身体变小，化名为“江户川柯南”，寄住在青梅竹马的女朋友毛利兰家中，是一个智商超乎常人的高的高中生侦探，后因得到解药身体变回原样，并向毛利兰说明里一切。
人物三：毛利兰，动漫中人物，是工藤新一青梅竹马的女朋友，“名侦探”毛利小五郎的女儿，空手道冠军，心地善良，是一个内柔外刚的高中生女孩。
人物四：毛利小五郎，一个糊涂大侦探，在工藤新一身体变小时，借助阿笠博士的发明帮助毛利小五郎办案，因此，“糊涂大侦探”变成了名侦探，因为破案时总是被柯南麻醉，所以被人称为“沉睡中的名侦探”或“沉睡小五郎”。
人物五：黑羽快斗（怪盗基德），表面看去，是普通的高中生，实际是让全日本警察头疼，并疯狂地想把他送进监牢的怪盗基德，他的父亲是著名的魔术师—黑羽盗一，同时也是第一任怪盗基德，在一次表演中意外身亡（说是身亡，其实到现在为止没人知道他到底是死了还是失踪），黑羽快斗决定引出杀害父亲的凶手，所以成为怪盗基德，为父亲报仇。
人物六：中森青子，是黑羽快斗青梅竹马的女朋友，也是他的同学，不知道黑羽快斗就是怪盗基德，她的父亲中森银三是警视厅搜查二课警部，急欲逮捕怪盗基德，父女俩非常讨厌怪盗基德。
人物七：服部平次，是日本关西的名侦探，也是高中生，与工藤新一是知己，也是对手，有着和工藤新一一样的聪明头脑，他与工藤新一被人称为“东有工藤，西有服部”。
人物八：宫野志保（灰原哀），黑暗组织中的重要人物，在组织中研究药物，因唯一的亲人姐姐（宫野明美）被组织杀害，所以吃了和工藤新一一样的药，并逃出组织，被阿笠博士带回家中，并开始研究解药，最后研究成功，她与工藤新一的身体恢复原样，并对工藤新一产生感情。
人物九：阿笠博士，是工藤新一的邻居，工藤优作（工藤新一的父亲，著名推理小说家）的朋友，一名博士，同时也是发明家，工藤新一还是柯南是所带的眼睛、手表、蝴蝶结型变声器还有柯南的太阳能滑板都是阿笠博士发明的。
人物十：铃木园子，毛利兰的好朋友，也是同学，是铃木集团的大小姐，却一点也没有大小姐的气质（除了在帅哥面前）
人物十一：寺井黄之助，黑羽快斗家的管家，在黑羽快斗小时候就一直照顾他。知道黑羽快斗的真正身份，被小樱称为“好爷爷”。
人物十二：吹石丽香，黑羽快斗家的保姆，在黑羽快斗小时候就一直照顾他，知道黑羽快斗的真正身份。
团队人物：少年侦探团，队员有步美（喜欢柯南），元太、光彦、灰原哀、江户川柯南，在柯南和灰原哀离开后，少年侦探团解散。
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新一回来了 1
灰原哀一直在研制使她和新一变小的药的解药，在经过了数次的失败后，灰原终于研制出了解药……在黑暗组织被抓起来后，灰原才敢拿出解药……灰原一直以来都暗恋着新一，这次的解药她不知道是否真的成功了
哀：“工藤，我研制出了解药，可是我不知道有没有副作用，所以我要去找我父亲的朋友帮我确认一下，我要离开一段时间。”
柯南：“我知道了，灰原，你路上小心……”
就这样，灰原和博士一起离开了那个城市，在另一个地方住了下来，灰原吃了其中的一颗解药（其实灰原根本就没打算去找什么父亲的朋友，只是一个离开的理由），两个月后，灰原回到了那个城市，只不过是以宫野志保的身份，灰原回来以后没有直接去找柯南，阿笠博士将灰原送到了小兰的那个学校，小兰和志保成了朋友，小兰觉得宫野志保既熟悉又陌生，这种冷冷的人好像在哪里见到过。
小兰邀请了她的朋友去她家玩，其中也包括了志保，志保和柯南见面了，柯南一眼就认出了她，在大家都不注意时，志保拉着柯南的手向外走去，兰：“宫野同学，你要带柯南去哪里？”
柯南马上回答：“小兰姐姐，灰……宫野姐姐要带我去买糖果，让我去吧，好不好！！”
兰：“好吧！要注意安全哦！”
柯南：“嗯！”
志保和柯南来到外面，柯南：“看来试验成功了！”
志保点了点头：“工藤，你真的很想回到工藤新一吗？”
柯南：“啊？？灰原，你在说什么啊！我当然想啊！我……”
志保：“可是，我不想！”
志保打断了柯南：“我还是喜欢‘灰原哀’，如果可以，我希望我们永远都是‘灰原哀’和‘江户川柯南’，这样，我们就可以一直在一起了……”
柯南：“灰原，你不要再说了，你的心意我明白，但是，那不是真正的我们啊！！”
志保：“只要你愿意，我们就可以把那当做是真正的自己……”
柯南：“我……”
“柯南，你们怎么在这里？”小兰出来看到了他们，
柯南抬起头看看小兰，又转头看看宫野志保，身侧的拳头紧了紧，又低下头，对小兰说：“小兰……”
“柯南，不可以这么没礼貌哦！你要叫我小兰姐姐……”兰边说边蹲下，用食指点点柯南的额头，
柯南伸出手握住小兰还停留在他额头上的手，“小兰，我……我不是柯南……”
兰愣了愣，“柯、柯南，你在说什么傻话！”
志保看着眼前的两个人，眼底一道失落闪过，“你们说吧，我先走了，工藤，我在公园等你，一会来找我，我有话要对你说，这是解药，给你！”
柯南伸出手接住那个装着解药的小盒子，又看了有宫野志保，“好！！”
志保走开了，
兰被志保的话又吓得愣了愣，张着嘴结结巴巴的说：“工……工藤？？？解药……？？？”
柯南看着眼前瞪大眼睛、张着o形嘴的小兰，神色复杂，最后还是叹了一口气，“小兰，这不是说话的地方，去我家吧！”
小兰还没从震惊中回来，有装着满脑的疑问跟在柯南后面来到了工藤新一家，
柯南和小兰在沙发上坐下，小兰的视线落到柯南身上，“小兰，从此刻起，不管我说什么，请你相信我说的都是真的，好吗？”
兰机械的点点头，柯南开始说了起来：“在那天我们去游乐园时，我跑走之后目睹了黑衣人的交易，却没发现在我后面的黑衣人，结果被偷袭，打晕了，然后我被黑衣人灌下一种使我身体变小的名为aptx…4869的毒药，但他们不知道那种药会使人身体变小，而我就是第一个实验品，他们以为我已经死了，为了不让他们发现我还活着，对我及我身边的人不利，所以，我就化名为“江户川柯南”，以便找出他们，在前不久，他们被抓获，其实灰原哀就是宫野志保……”
此时小兰一脸惊讶，“柯南……你……你在说什么呀！”
柯南：“小兰，这确实很难让人相信，灰原也是黑暗组织的一员，而且也是她发明的那种毒药，不过她为了逃离组织，也吃了那种药，她在两个月前就研制出了解药，看，这就是……你等我一下。”
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新一回来了 2
柯南回到房间，吃了解药，经过了一阵痛苦后，柯南变回了新一，换上了新一的衣服，走出了房间，
兰看着眼前朝思夜想的人，站起来目瞪口呆的看着他，半天才说出一句：“新……新一！”
新一慢慢走到兰身边，笑了笑，“兰，你相信了吧！”
兰的脑海中不断重复着一句话，‘柯南就是新一！’，“你……你真的是新一，为什么？为什么要骗我？为什么骗了所有的人？我们都像白痴一样被你骗了！我以前还那么相信你，我还为我怀疑你而自责，我……我太傻了……”说着说着兰的眼泪就止不住的留下，
新一心疼的看着眼前哭成泪人的兰，柔柔的说：“兰，对不起，黑衣组织不除掉，我真的没法对你说，原谅我好不好？”
兰就像没有听到一样，似跟新一说又似自言自语，“我和柯南发生过那么多的事，没想到根本不存在‘柯南’这个人，而是新一假扮的，为什么？为什么？”
兰坐在地上开始大哭起来……新一蹲下抱住兰……
新一：“对不起，对不起，你不要这样！兰，对不起……”
兰在新一的怀里哭着，似乎要把这一段时间的委屈全部哭出来，一段时间后，新一把兰扶起来，
新一伸手擦掉还挂在兰脸上的泪珠，“兰，灰原找我有事，那个……你先回家，我处理完就去找你，好不好！”
兰抬头看了看新一，点点头，“好……好！”
兰离开了新一家，走在回家的路上，眼泪又不自主的掉了下来，自言自语的说：“柯南就是新一，我早就该发现，为什么我那么笨，为什么我没有发现呢！明明那么多的漏洞！新一又为什么要骗我？黑暗组织又会不会是另一个谎言？在“柯南”的那段时间，他每天都和灰原在一起，会不会……会不会……不会的，不会的，新一说过他是喜欢我的，他说过要我等他回来的，我怎么可以不相信他呢！大白痴！”兰擦了擦眼泪，跑回了家……
新一来到公园，看到站在湖边的志保，新一走过去，“灰原，你。。。。。。”
志保仍是背对着新一，“工藤，你听我说，其实在好久以前我就喜欢你了，可是，我不能说，我也不敢说，因为我知道你有多么爱小兰，而你是一个重情义的人，如果我要是说了，我知道你一定会为此事而为难、烦心，我不想看到你这样，但是，现在我真的忍不住了，你回到了新一，就会回到小兰身边，这是最后一次机会，最后一次向你告白的机会，我不想让你和小兰受伤，我只想亲口对你说一句，工藤，我喜欢你！（哀哭了，默默地流着眼泪。。。。。。）我想说的都说完了，你走吧！”
“灰原……”新一小声的说道，他将灰原拥入怀中，
“对不起，这是我唯一可以安慰你的……”
志保紧紧的抱着新一，不停地哭着，清风吹过，柳树的枝条在风中飘着，像在诉说着哀伤。
“灰原，我该走了，兰还在等着我！放手吧！去寻找真正属于你的爱情，我相信，在某个角落，一定会有一个深爱着你的人，你们会很幸福的！”新一放开手，看着志保，认真的说，
“不，工藤，我不想放手，我更忘不了你！”
新一知道，这样下去是不行的，他将她推开，向兰家跑去，
“工藤！”志保跪在地上痛哭起来……
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新一回来了 3
兰家：
“小兰，你回来啦！那个‘大侦探’已经醉的找不着北了！咦，小兰，你不是去买寿司了吗？东西呢？眼睛怎么湿湿的？是不是有人欺负你啊？本小姐一定会为你报仇的！”铃木园子一见到兰就不停地说着，
“没人欺负我，我……我见到新一了……”兰低着头，小声的说着，
“什么？你见到新一了？你怎么没把他带回来？看你这么难过，一定是他辜负了你，和别的女人在一起，可怜的兰，你等他那么久，他却……”园子惊讶的叫了起来，
“不是的，园子，不是的，其实，柯南就是新一……”兰对园子说，
“你说什么？哈哈哈。。。。。。小兰，你没喝酒，怎么比你爸还糊涂啊！柯南怎么可能是新一呢！他们一个是高中生，一个是小学生，你一定是太想新一了，看错了！”园子边说边笑，
“不，他就是新一，可是……”还不等兰说完，新一就进来了，
新一：“兰……”
园子看着门口的人，嘴巴大的都能塞下一个鸡蛋，“真的是新一……”
新一满头大汗的出现在门口，
园子回过神，拍拍兰的肩膀，“小兰，这事以后我们再说，我们先走了，你和你老公好好谈谈吧！走吧！同学们！”园子边走边说，
“好！”大家说罢走出了兰家，
兰红着脸，低着头，一声不吭。
“兰，那个……我刚刚和灰原，啊不，志保，我们……”新一低着头说，
“新一。。。。。。”兰打断了新一的话，
“嗯？”新一抬起头，疑惑的看着兰，
“你不用解释，我相信你！只要你回来就好！”兰依然低着头，
“兰！”新一向兰跑去，将兰拥入怀中，
“对不起，兰！我会把一切都告诉你，志保她……她喜欢我！刚才把我叫出去是跟我告白，她说她以前不跟我说，是怕伤害我和你，但是这是最后的机会，因为我变回工藤新一就意味着我回到你身边，她只想告诉我她喜欢我，兰，我们真的没什么的！”
“新一，我说过我相信你，可是，宫野同学她……”兰抱着新一担忧的说，
“兰，不用担心，我相信她是一个很坚强的女孩儿，也是一个懂得放弃的女孩儿，她会找到真正爱她的人！”
“嗯。”兰点了点头，
“洋子小姐！再来一杯！洋子小姐……”毛利小五郎倒在沙发上，喊着，
“哎……爸爸……，新一，不好意思，能帮我把我爸爸扶回房间吗？”兰抱歉的看着新一，
“嗯……”新一点点头，
“哎呀！真丢脸！”将小五郎送回房之后，兰抱怨的说，
“兰，天也不早了，我先回家了。”
“新一，我送送你吧！”
“不用了，兰，好好照顾叔叔吧！我先走了……”
“嗯！那柯南的东西。。。。。。”
“就先放在这里吧！等有时间我在来拿走。”
“好。。。。。。”
新一转身向外面走去，“哦，对了，小兰！”
“嗯？什么事？”
“那个……上一次去游乐园给你留下了遗憾，明天学校正好放假，我们再去一次怎么样？”
“什么？啊，好啊！”
“嗯，你好好休息！明天早上8：00我来找你！”
“好！新一，注意安全！”
博士家：
“博士，我回来了！”灰原低着头，
“啊，小哀啊！呀！怎么了？不是去小兰家玩了吗？怎么哭了？”博士注意到灰原的眼睛又红又肿，
“博士。。。。。。”�