前，其内部分崩离析，已降敌的前喀什噶尔守备何步云乘机反正，固守喀什噶尔汉城等待清军救援。刘锦棠得到消息后，立即挥军分路前进，于12月中下旬连克喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔三城。遭到毁灭性打击后，伯克&；#8226；胡里和白彦虎等人逃入俄境，了此残生。
1878年1月2日，清军总兵董福祥攻克和阗，阿古柏的残余势力被彻底荡平。董福祥本也是回中枭雄，后来投靠了左宗棠为清廷效力，后来在庚子年中还惹下了大麻烦，后叙。
至此，整个新疆除沙俄侵占的伊犁地区外，全部收复。当清军收复天山南北之后，喀什噶尔回城西北树起了一个“明瑶洛纪功石碑”，以纪念新疆各族军民平定阿古柏入侵的重大胜利。
心怀鬼胎的英俄两国没想到阿古柏失败得如此之快。说实话，英国人是想真心想帮阿古柏割裂新疆并使之成为其印度势力外围的，但由于地理条件的限制，加上担心过分触犯俄国，英国也只能给予阿古柏有限的外交与军火支持。刘锦棠在攻克阿古柏军的后方巢穴时，就俘获了一些英国、土耳其教官和工匠，并缴获了大量英国军火。
而俄国人担心英国人的势力通过阿古柏进入新疆后威胁到自己在中亚的利益，最开始还想假手清军，直接打击阿古柏以间接打击英国，并从中消耗清廷的力量，弄个三败俱伤的结果，俄国人渔翁得利，便可永远占领伊犁地区。
据说，左宗棠动员军队西征的最初，俄国军官还特意至兰州，对左佯示友好，说只要中国收回北路，即交还伊犁，并愿为清军代为置办粮食。但后来一看阿古柏快要战败的时候，俄国人反给阿古柏运送军火，不再将粮食转售左军。很明显，俄国人想在里面玩势力均衡，其手段也未免露骨了一点。
俄国看左宗棠进军迅速，还想拉阿古柏一把，但阿古柏太不得民心，败局难以挽回。而此时俄国刚侵占了中亚需要消化，也不愿意全力卷入新疆之事。而清军这边，主帅左宗棠意志果决，计划周密，加上湘军主将刘锦棠又善于抚兵用众，终成大功。
值得一提的是，平定新疆阿古柏之乱的刘锦棠所率湘军，大都是生长于鱼米之乡的湖湘子弟，这些年轻人却在西域风沙漫天、戈壁千里的战场上一展雄风，为保住祖国宝贵的疆土而披坚执锐、义无返顾，很多人甚至捐躯疆场，正如古诗所云：“醉卧沙场君莫笑，古来征战几人回？”
最后记一个相关的小故事。梁启超在《咸同将相琐闻》里记载了曾国藩和左宗棠的交恶趣闻，说左宗棠和曾国藩绝交后，经常在部将面前大骂曾国藩，而他的部将很多都曾经是曾国藩的手下，退下后这些人愤愤不平的说，“左帅自不快于曾公，何必对我辈烦呱，且其理不直，其说不圆，聆其所述，不过如是，吾耳中已生茧矣。”
后来左宗棠从西域回来做两江总督后，大概因为年纪大了，特别爱唠叨，声音还特别大，别人连嘴都插不进去。有客人来拜访，往往刚刚寒暄完，左宗棠就开始大谈自己的西陲功绩，喋喋不休，令人无可插话；随后又大骂曾国藩，有时候还连带着骂李鸿章，等到客人受不了要告辞，左老帅尚言如泉涌，意犹未尽。
左宗棠和曾国藩交恶，据说是因为当年太平军快要失败的时候，左宗棠认为曾国藩不给自己筹备兵饷，意在抢功，对此而耿耿于怀。其实，曾国藩对左宗棠平定陕甘回乱和新疆之乱给予了很大的帮助，曾国藩当时不但不遗余力的为左宗棠筹备兵饷，而且还调派了湘军精兵如刘松山部给左宗棠使用。
同为晚清大儒，但儒亦有别。左宗棠骂曾国藩，最强调一个“伪”字，快人快语，开怀大笑，无所顾忌，此公性格，可见一斑！
尽管有些个性方面的小毛病，梁启超先生还是盛赞左宗棠是“五百年来第一伟人”，正因为左宗棠和广大湖湘子弟的努力，才保住了新疆一百多万平方公里的国土，这或许是左宗棠至今仍为后人缅怀的主要原因吧。
3．4、虎口夺食，伊犁谈判曲与折
伊犁位于中国的西北部，早在公元前三世纪，就有塞人在伊犁河谷一带活动。公元前176年，原生活在河西走廊和祁连山之间的大月氏（读ròu zhī）在被匈奴人打败后西迁到这里。但过了没多久，乌孙人从河西走廊迁移到伊犁河流域并攻破大月氏，随后便在此建立了乌孙国，据《汉书&；#8226；西域传》记载，西汉时乌孙已有“户十二万，口六十三万，胜兵十八万八千八百人”，算是西域大国了。
公元前60年，西汉设置西域都护府后，乌孙归其管辖。由此，巴尔喀什湖以东和以南的伊犁河流域就首次纳入了中国版图。
从东汉到唐朝初年，伊犁河流域先后成为柔然汗国、西突厥汗国的领地。唐太宗派兵击败西突厥后，伊犁地区归属于当时的北庭大都护府管辖。明代时，伊犁成为蒙古准噶尔部的游牧地。清朝初期，准噶尔部的噶尔丹发动叛乱，后来被康熙帝平定，伊犁地区再次牢牢的控制在大清帝国的手中。
1762年，乾隆帝下旨设置伊犁将军府，号令天山南北。随后，一座新城拔地而起，乾隆帝赐名“惠远”城，作为伊犁将军的驻地。在很长一段时期里，惠远一直是全疆的政治、军事乃至文化中心。只是在后来沙俄入侵时，原惠远城被夷为平地，现存的惠远故城钟鼓楼也是1883年在原址7公里外按老城的模式重建的。
在修建惠远城的时候，伊犁河北岸又陆续修建拱宸、绥定、宁远、瞻德等八座卫星城，这些卫星城与惠远一起合称为“伊犁九城”，以拱卫帝国的西北边疆。伊犁将军府和伊犁九城的建立，与东部的乌里雅苏台将军府一起，形成了中国西北部的完整防线，是遏制沙俄东侵的最前沿。
1842年，被革职的林则徐发配到惠远城，作为一名经验丰富的水利专家，林则徐在当地开凿了一条河渠， 把奔腾的喀什河水引入后穿越了今天的伊宁县、伊宁市、霍城县， 全长约100多公里，河北岸150多万亩农田由此得到滋润，并成为当时新疆最大的产粮区。为纪念林则徐的功绩，后人也常把这条渠称为“林公渠”。
伊犁九城对保卫我国西北部的主权发挥了重要的作用。物换星移，时光流逝，当我们今天回望这九座古城的时候，不经意间，这九城大多已在近代岁月的销蚀中，逐渐退却了昔日的辉煌。九城中最东部的宁远城，如今已经更名为伊宁，由此发展出一座新的中心城市，并已成为现在伊犁哈萨克自治州的首府；而在原拱宸城的旧址上，已经成为新疆生产建设兵团62团部的所在，近代屯垦戍边的历史，仍旧在这里延续；九城中惟一保留了原名的古城是曾经风光无限的惠远，如今正以其丰富的人文旅游资源，每天都吸引着众多的游客来此寻访。
我们的祖先创业艰难，土地寸土寸金，都是百战而得，得之不易。但在1871年，伊犁这样一片美丽的土地，却被一个叫做沙俄的强盗趁火打劫，强行占领。
卧榻之侧，岂容他人酣睡？在解决了外贼阿古柏的侵略之后，收回伊犁主权的问题也开始提上日程。1878年，清廷任命吏部侍郎崇厚为出使俄国头等钦差大臣，赴沙俄彼得堡谈判收复伊犁事宜。
崇厚出身满洲贵族，本是八旗镶黄旗人，曾任三口通商大臣并署理直隶总督。1871年天津发生教案后，崇厚被清廷派赴法国“谢罪”，是清廷里极少数出过洋的人。
不过，据当时的出使英国大臣侍郎郭嵩焘（相当于驻英大使）说，他曾在巴黎和前往俄国的崇厚见过一次，问起崇厚对西洋各国的印象，崇厚啧啧叹道，洋鬼子的船坚炮利，兵力强大，实在可畏。郭嵩焘问他有无伊犁谈判的具体机宜，崇厚光扯些“伊犁重地，岂能不收回”之类大话，看起来信心满满，完全不在话下。郭嵩焘心想伊犁如此大事，崇厚竟把问题想得这么简单，对外交又如此蒙昧，恐怕要坏事。
果不其然，崇厚抵达彼得堡后，俄国人假意好生招待，以试探他的底细，后来发现此人在外交事务上根本就是个大苯伯，对俄国人的险恶用心懵懂无知，完全被俄国人牵着鼻子走。崇厚在彼得堡好吃好喝了大半年，最后在沙俄胁迫和欺骗下，擅自与沙俄代理外交大臣吉尔斯签订了《里瓦几亚条约》十八条（另有《瑗珲专条》、《兵费及恤款专条》、《陆路通商章程》十七条）。
崇厚所签的《里瓦几亚条约》，名义上把伊犁归还中国，但需要赔偿“代收代守”伊犁兵费及恤款五百万卢布（合银二百八十万两），而伊犁西境霍尔果斯河以西、伊犁南境特克斯河流域以及塔尔巴哈台（今新疆塔城）地区斋桑湖以东本属于中国的土地，统统划归了俄属。如此一来，伊犁实际上已成“弹丸孤注，控守弥难”的残破孤城。这样一个孤城，却还要花近三百万两白银来赎回，岂不荒唐？！
另外，《里瓦几亚条约》还规定：俄商在蒙古、新疆的贸易免税；通商路线增开三条；由陆路运入天津、汉口的俄国货物，进口税则较海路运入者减低三分之一；俄商在嘉峪关、乌鲁木齐、哈密、吐鲁番、古城、科布多、乌里雅苏台等七处增设领事。
据说崇厚为了急于回国处理家事，在总理衙门已经电令不准签字的情况下，居然回电说该条约已经缔结，并于1879年10月2日擅自在条约上签字，随后又未经奉旨就擅自回国。
条约送回国内后，舆论大哗，国人皆曰崇厚可杀。清政府也觉得此约“流弊甚大”，拒绝批准，并将崇厚革职拿问，要处以死刑。正好当时左宗棠刚刚平定新疆阿古柏之乱，大臣们纷纷主张对沙俄采取强硬措施。
沙俄听到清政府拒绝批准条约的消息后，在我国东北和西北边境集结了大量兵力，并派遣舰队在中国海面示威，以发动战争相威胁，进行外交恫吓，妄图逼迫中国就范。
当时出使英国的郭嵩焘已经回国，他上书朝廷指出：现在的麻烦，是崇厚在懵然无知的情况下，已经签订了条约，如果我朝先允后翻，可能会引发更大的冲突。对于朝中主战的意见，郭嵩焘认为不到非不得已，不应轻言开战。沙俄不是阿古柏，一旦战事爆发，费财费力，旷日持久，恐难预料。何况，以目前大清帝国的实力，未必能和沙俄抗衡，一旦战败，恐怕要丧失更多的领土，到不如先用外交手段，酌情而定。
历史证明，郭嵩焘的意见是明智的，十多年后，大清帝国连日本都搞不过，如果此时真和老毛子干的话，结果会怎么样，还真不好说。后来清廷便在郭嵩焘的建议下，改派当时已经出使英法的曾纪泽前往俄国，负责伊犁改约谈判事宜。
曾纪泽，字劼刚，曾国藩的长子，世袭一等候，少负俊才，在京城常与在华西方传教士和外交官交游，喜好洋务，是晚清相当出色的外交官。1878年，曾纪泽派充出使英国及法国大臣，在英办理订造船炮事宜（为北洋舰队订造“致远”和“靖远”两舰）。受命后，曾纪泽又兼任了出使俄国大臣，前往圣彼得堡谈判改订条约。
出发前，曾纪泽认为，“伊犁一案，大端有三：曰分界，曰通商，曰偿款。筹办之法，亦有三：曰战，曰守，曰和。”按照西洋定约之例，分界是常守不渝的，而通商则可以随时修改，再者，俄国人声称自己是“代守伊犁”，因此，曾纪泽定下的战略是，在边界问题上寸步不让，在贸易问题上讨价还价，在赔款问题上可以商量。
曾纪泽到达俄国的时候，俄国已经派遣使臣布策前来催促条约签字。曾纪泽得知后便要求俄国外交部令布策折回，对伊犁问题重新谈判。在曾纪泽的坚持下，俄国代理外部大臣吉尔斯、副大臣热梅尼和布策参与了谈判。
俄国代理外部大臣吉尔斯见了曾纪泽后，虽然开始觉得有点心虚，但又不想丧失诈骗而来的成果，便拿出一副强硬的态度，说：“你们的全权大臣既然签约了，就没什么好商量了。”
曾纪泽针锋相对：“崇厚所答应的，大都超过了朝旨的授权，不能不加以更改。”
俄国人说：“你们朝廷要将使臣定罪处死，废除已经谈判好的条约，这样做有悖国际公法，你们中国人不讲道理，我们没法和你们再谈判。”
曾纪泽说：“中国的使臣违背朝旨，定失职之罪，和外国没什么关系，你们无权干涉。何况，现在考虑到贵国的颜面，已经将崇厚释放了。”
俄国人没话可说，便转移话题，说：“你们中国现在正在备兵备战，明摆着想破坏和平。”
曾纪泽说：“我们备兵并非是因为你们而起，主要的防卫边疆乱党余孽，并无不可。”
俄国人说：“既然你们已经备战，那我们也要派兵备战，这是你们所挑起的，你们要承担全部责任。”
曾纪泽说：“你们要这样说的话，我们也可以反过来说你们想破坏和平。两国要想和睦相处的话，本就不应该提备战之事。”
俄国人立刻觉得自己失言，便悻悻然的说曾纪泽不是“全权大臣”，不够谈判的资格。
曾纪泽说，“我现在是大清帝国委派的驻俄大使，完全有议约之权。”（曾纪泽当时是兼任出使英、法、俄三国大臣，相当于驻三国的大使，当时大清帝国外交人才匮乏，驻外大使往往是兼任）
俄国人见曾纪泽不好对付，只好答应重新谈判。
为了给谈判增加筹码，清政府派左宗棠亲率大军离开肃州（今酒泉市），出嘉峪关，向哈密挺进。为了表明收复伊犁的决心，老帅左宗棠出征前命人备好棺木，“抬棺出征”，以鼓舞士气。左宗棠大军到达新疆哈密后，准备布署三路进兵收复伊犁：一路由金顺进驻精河从正面佯攻；一路由张曜从阿克苏越过天山进击伊犁南部；一路由刘锦棠经乌什越冰岭直赴伊犁西面的后路。（孙占元：《左宗棠评传》）
此时，俄国也加紧调兵遣将，不仅增兵伊犁，还在黑龙江以北和乌苏里江以东部署重兵，并调集了二十多艘军舰组成一支舰队，由黑海驶往日本长崎，威逼京津，并扬言要封锁中国沿海，对清政府进行武力恫吓。
对于崇厚被判死刑（后改流放）的事情，各国外交代表出于职业同情也纷纷表示反对，英国女王还亲自写信为崇厚说情，紧接着又派人游说李鸿章说俄国人不好对付，万一打起来，场面不好收拾，并主动要求为中俄伊犁交涉调停。原洋枪队长戈登，还特意跑到天津面见李鸿章，不怀好意的说：“俄国人要进攻你们京城呢！如果你们打算作战，就赶紧把北京的近郊焚毁，把政府档案和皇帝都从北京迁到中心地带去，并且准备作战五年。”（马士：《中华帝国对外关系史》）
李鸿章听了后慌忙上奏朝廷，说北京北边不安全，离海口又太近，洋兵易于长驱直入，无能阻挡，万一真和沙俄开战的话，危险太大。清廷听后信心动摇，又敦促曾纪泽早日谈判。
而当时的沙俄和土耳其关系紧张，加之左宗棠治军有方，不惜一战，刚刚在土耳其吃了亏的俄国人思前想后，觉得代价很大，最后不得不降低要求，以谈判解决问题。在这种情况下，经过反复的辩论和艰苦的谈判，1881年2月，曾纪泽与沙俄代理外交大臣吉尔斯和布策签订�