1944年1月，陈士榘组织发起石沟崖村攻坚战。石沟崖村位于日照和莒县之间的公路上，是连结两县的枢纽，也是伸入滨海根据地的一颗钉子。石沟崖村四面环山，工事坚固，障碍较多，易守难攻。驻守该村的是日照县伪保安大队副大队长朱信斋部4个中队500余人。
陈士榘多次研究作战方案并进行战术推演。决定采取强攻战术，用两至三天时间分3次战斗，拿下这个据点。他命令第六团主攻；莒中独立营和滨海支队一个团，分别在石沟崖东、西两侧构筑阵地，阻击自日照和莒县来援的日伪军；调第十三团和教导团一部为预备队。1月21日晚，第六团团长贺东生率领全团及配属的军区工兵连排长余维雄带领的爆破组，冒着刺骨的寒风，向石沟崖村进发，拂晓之前完成了合围。第一营3个连分别攻克东、西两个大碉堡和石沟崖村。22日下午，第二、第三营进攻北围寨，激战至23日上午，全歼其伪军3个中队，并活捉朱信斋。守南围寨的伪军1个中队，见势乘夜突围，大部被歼。从莒县来援之日伪军400余人，遭到莒中独立营的阻击，被迫退回莒县。
莒县城内有日军1个中队100余人和伪军1个保安大队。该城内外筑有坚固的防御工事，构成独立防御体系。伪县保安大队有3500余人，其副大队长莫正民，经滨海军区做争取工作，准备带出部队反正。11月，山东军区决定集中约1万兵力，以里应外合手段收复莒县县城，战役由滨海军区司令员陈士榘、政治委员唐亮统一指挥。陈士榘、唐亮受命后立即进行部署，将部队分成攻城、打援和扫除外围据点三部分，加紧战前动员。12日下午，陈士榘命参谋周乐亭化装成伪军军官，随敌工科科长谷凤鸣进城，进行莫正民部反正和攻占日军据点的准备工作。工兵连班长吉玉贵等化装成卖布商人，骑自行车将包装炸药的布匹运至城南关，通过内应将炸药包放在炮楼中。
14日16时40分，随着巨大的爆炸声，莫正民部按计划顺利出城进入根据地。第六团和军区特务团主力及莒中独立营乘势攻入城内，将日军压缩到中心围寨内，日军利用坚固工事顽抗。由于攻城部队缺乏炮火支援，强攻未果，乃转为围困。16日，诸城日军分批增援，遭阻援部队顽强抗击，仅有一部突入莒县城。城内日军在滨海军区围困和不断打击下，于29日被迫撤退，莒县城遂告收复。
根据毛泽东“猛烈扩大解放区”的指示，1945年上半年，山东军区先后部署了春、夏季攻势。陈士榘率领滨海军区所属部队参加了这两次攻势作战。1月中旬，陈士榘指挥第六、第十三团在诸城以东和赣榆外围地区对日伪军展开进攻，攻克百尺河等据点40余处，歼伪军1000余人，并通过政治攻势，争取伪军1300余人反正。6月下旬，滨海军区发起讨伐梁钟亭部战役。该部原为国民党军挺进第十七纵队，共2000余人，后投靠日军。22日，陈士榘指挥第四团、独立第一团等部，在鲁南军区第五团配合下，对驻郯城西南王海子、新城的梁钟亭部发起攻击。激战至26日，攻克大小据点10余处，歼伪军500余人，生俘梁钟亭。
7月12日，陈士榘等指挥第四团、独立第一团及地方武装一部，发起郯（城）码（头）战役。当日夜，对日伪军重要据点码头镇发起攻击。战至16日夜，歼日军1个小队和伪军500余人，解放码头镇，并攻克郯城以南店子据点，使郯城陷入孤立。接着，他指挥部队乘胜包围郯城并展开政治攻势。23日，郯城守军弃城逃窜，战役遂告结束。
这期间，滨海军区还发起了讨伐张步云部战役。张步云时任伪山东国民自卫军第一集团军司令兼第一军军长。所部3个师，共1万余人，盘踞在滨海区北部的诸城、高密地区。为打好此仗，陈士榘多次召集机关和参战部队团以上干部共商作战计划和具体部署。在打法上，陈士榘认为张步云部人员多、占地广，一口难以吃下，应分两个阶段进行攻击。报经山东军区领导同意后，由滨海军区副司令员万毅统一指挥，于7月15日夜，发起第一阶段作战，第六、第十三团和鲁中军区第一、第十二团冒着倾盆大雨，分路驰奔相州、双庙、秦家河崖等据点，伪军大部被歼，残部东涉潍河溃逃。至17日，潍河西的伪军被肃清，第一阶段作战胜利结束。20日，第二阶段作战打响。滨海、鲁中军区部队分兵两路，先后东渡潍河。一路向北直逼胶济铁路，歼灭高密伪自卫团一部，随后继续向北发展，策应路北胶东军区部队作战；一路向南于诸城以北埠头一带歼诸城保安队，生俘保安队队长吕孝生。在滨海、鲁中军区参战部队的强大攻势威慑下，伪胶州自卫第五团反正，胶县西南地区均获解放。战役于7月30日结束，张步云部大部被歼，拔除据点51个，解放诸城、高密、胶县约2500平方公里土地。在一个多月里，陈士榘指挥滨海军区部队在兄弟部队协同下，连续发起讨伐日伪军的战役，取得了三战三捷的胜利。
8月上旬，世界反法西斯战争已临近最后胜利，中国的抗战也进入大反攻阶段。9日，毛泽东号召中国人民一切抗日力量举行全国规模的反攻。10日，八路军总司令朱德命令解放区武装部队，向附近城镇交通要道之日伪军发出通牒，限期投降，对拒降的日伪军予以坚决消灭。为响应毛泽东的号召和执行朱德的命令，中共中央山东分局和山东军区于8月11日召开高级干部联席会议进行部署。陈士榘开完会回到滨海军区机关后，立即召开团以上干部会议，传达会议精神和山东军区司令部发布的向城市进军的命令。
月15日，日本政府虽已宣布投降，但山东的日伪军仍拒绝向八路军缴械。针对这一情况，山东军区决定将全区主力及基干部队计8个师、12个警备旅和1个海军支队，编成5路野战部队，执行战略反攻任务。滨海军区为第二路，陈士榘任前线指挥，唐亮为政治委员。16日，陈士榘指挥第一、第二师和警备第十、第十一旅，分南北两个作战集团。北线集团向胶济铁路（青岛至济南）东段沿线的日伪军反攻，配合胶东军区部队夺取青岛。19日，第一师与滨海支队解放胶县，俘伪军2000余人，切断胶济铁路东段，保障了向青岛进军的胶东军区部队的翼侧安全。南线集团向陇海铁路（兰州至连云港）东段的伪军反攻。21日解放赣榆、青口，逼近海州、连云港，控制了日照以南、新浦（今属连云港市）以北海岸线。9月6日至8日，陈士榘率第一师占领诸城、日照。10日，他派出第二师和鲁中军区部队协同作战，对临沂县城发起强攻，用2000公斤炸药炸开城墙，迅速攻进城内，与负隅顽抗的伪军进行激烈巷战。11日，攻克临沂城，歼伪军2000余人。临沂城的解放，使鲁中、鲁南、滨海3个地区连成一片。
在此期间，山东军区一部分主力在罗荣桓率领下进军东北，新四军军部率部分主力北移山东，与山东军区留下的机关合组成新四军兼山东军区。10月，陈士榘调任新四军兼山东军区参谋长。
20、万毅回忆伐诸城和日照
1945年初夏，贺东升将军率6团参加讨张（张步云）战役，势如破竹，风卷残云。其时，正值雨天，将军不慎从马上跌落，右脚摔伤，无法行动。政委吴岱劝其到医院治疗，将军谢绝，嘱士兵用担架抬其前行，继续指挥战斗，连克门各庄、石门等五个据点，解放诸城、高密、胶县之间地区，面积达1300余平方公里。
万毅回忆：
一九四五年夏天，山东军区为了讨伐诸城和日照的伪军，打通滨海和胶东之间的联系，扩大根据地，迎接大反攻所举行的战役，集中了滨海六团和十三团，鲁中的一团和十二团。罗政委叫我担任这一战役的指挥员。我听了吃了一惊，心里想：这几个主力团的负责干部，都是身经百战的老红军，战斗经验比我丰富，我怎么指挥得了？我对罗政委说，我的能力有限，经验不足，请首长另派人指挥。
罗政委批评我说：“怕指挥是错误的！派你当指挥员，是经过分局讨论决定的。不要胆小，抗战形势发展很快，进入反攻阶段的时候，还要指挥更多部队作战。多和同志们商量，多听取下面的意见，随时掌握敌情的变化，仗是可以打好的。”
在全体指战员的英勇战斗下，战役顺利发展，消灭了张步云伪一旅和三旅。后六团、十三团又消灭吕孝先所部，乘胜向另一股伪军张鸿飞部进逼！
分局敌工部派在张鸿飞部队里工作的同志，听说我们的队伍来了，来见我说，经过这段工作，张鸿飞的伪军可以接受改编，并说张鸿飞要亲自来谈谈，问我见不见他？我当即和几位团领导商量，大家说可以让他来见。
那位敌工同志把张鸿飞领来。张鸿飞说他愿意接受改编，请求我军不要逼的太近，他好向部下做工作，并说明天就可以答复。
我答应张鸿飞的请求。他走后，我留下那位敌工同志，召集几个团领导一同商议。六团团长贺东生同志不同意我的做法，他说：“这些家伙鬼得很，你不逼近他怎么肯接受改编？”
那个敌工同志说：“不要着急，可以慢慢工作嘛，张鸿飞亲口同意了，不至于反悔。”
贺东生同志又说：“我看靠不住！还是把部队开拔去，不接受改编就把他打掉！”
那个敌工同志说：“太紧就不好工作。”
我也说：“已经答应人家了，不好失信。反正明天就见分晓，他要是不接受改编，再打也不晚。”我又对那个敌工同志说：“你赶快回去吧！”
敌工同志走了。贺东生团长又提议，开一部分部队，堵住张鸿飞可能逃向胶县的道路。这一意见，我也没有采纳。
果然不出贺东生同志所料，张鸿飞向我要了花招，争取了时间，连夜把伪军拉往胶县跑，把我们在那里工作的人员全带走了。幸亏贺团长发现情况主动追击，张鸿飞才把我们的敌工人员放了，但是张鸿飞却带着他的队跑进县城去了。
这一错误是严重 。我回到分局见到罗政委，向他们了汇报，最后对张鸿飞跑进胶县，丧失战机这一问题做了检讨，归结我轻信张鸿飞的许诺，是由于我的见解太迂腐了。
罗政委听了，在全面肯定这次战役胜利之后，针对我的检讨，作了严厉的批评。他说：“说你的见解迂腐，这是对的。但这是问题的表面现象，对他们那种人，怎么可以讲信义呢？在他没有接受改编以前，还是敌人嘛！你讲信义他不讲，结果上当了嘛！ 你走的时候，我叫有事多找同志们商量，多听取下面的意见，你怎么开始记得，后来又忘了呢？是不是仗打顺利了，别人的话听不进去了？我看可能是这样。”接着他又说：“话还得说回来，前面指出你见解迂腐是表面现象，实质又是什么呢？我认为是世界观问题，有思想方法也有立场问题，两者互相关联，这确是你应该认真总结提高的问题。第一，我看你的思想方法，基本上是主观唯心主义的，说基本上是，是从你这次执行任务的过程中，思想变化看出来的。你接受任务和战役初战续战中，都保持了谦虚谨慎，发扬民主作风，因而正确地执行全体指战员的意见，打了胜仗。这时你的思想方法，符合客观事物的规律，是辩证唯物主义的。但过后特别是到了张鸿飞伪军附近，你的作风变了，骄傲自满，自以为是起来了！你唯心地把由于全体指战员（当然也有你在内）的军事艺术和英勇牺牲所取得的胜利，当作了你一个人聪明才智的产物。因此，也就听不进贺东生等老同志的正确建议，一厢情愿地盼望张鸿飞能履行诺言，从而上当受骗，丧失了战机，这时你的思想方法变成（或者说回复到）主观唯心主义了。第二，从骄傲这个表现来说，除了思想方法上主观片面以外，也还有个立场问题。我们知道骄傲来自满足，而立场是分为阶级的，在现在社会中，最容易满足的是哪个阶级呀？当然是小资产阶级，它稍有余钱剩米，就喜出望外，稍有些微成就，就手舞足蹈，忘乎所以。而无产阶级则不是这样，因为它是要解放全人类的。从你这次所犯错误上看，显然是无产阶级立场没有站牢。我因为想帮你正确总结经验教训，所以说得严厉了一些，你看对不对？”
罗政委这番批评，份量很重，态度很严肃诚恳，内容十分具体明朗，深刻透彻！是我参加革命以来，从未受过的党的教育。我除了感到懊悔、惭愧，更多的感到党的温暖。
21、686团 滨海南部调到滨海中部
1942年10月1日，中共中央发布了“开展根据地的减租、减息、生产和拥政爱民运动”的指示，山东各抗日根据地响应中央号召，开展了“拥政爱民月”活动。滨海军区部队除少数监视敌人外，主力普遍进行整训。六团是整训部队，但为了巩固新开辟的五莲山区和监视日照的敌人，12月初，由滨海南部调到滨海中部以甲子山为中心的马庄、崖头、刘家东山、草岭一线。
六团从1941年就在赣榆坚持对敌斗争，与当地人民结下血肉相连的关系。近年来，六团提高了政策纪律观念，极大地改善了军政关系、军民关系，尽管军事行动极端机密，但从战士的行动和表情上，群众也看出了迹象。部队出发那天，下起纷纷扬扬的鹅毛大雪，可是六团部队曾住过的老房东们，还是带上煮熟的鸡蛋来给部队送行。有的恋恋不舍地说，老六国和我们同生死、共患难地渡过了困难时期，刚打下赣榆，你们就要走了，人也留，天也留。 UGI